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万見
- PDB-1aca: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ACYL-COENZYME ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aca
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN AND PALMITOYL-COENZYME A
要素ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN
キーワードACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid metabolic process / ゴルジ体 / 小胞体
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / パルミチン酸 / Acyl-CoA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR
データ登録者Kragelund, B.B. / Andersen, K.V. / Madsen, J.C. / Knudsen, J. / Poulsen, F.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional structure of the complex between acyl-coenzyme A binding protein and palmitoyl-coenzyme A.
著者: Kragelund, B.B. / Andersen, K.V. / Madsen, J.C. / Knudsen, J. / Poulsen, F.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Three-Dimensional Structure in Solution of Acyl-Coenzyme a Binding Protein from Bovine Liver
著者: Andersen, K.V. / Poulsen, F.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: The Secondary Structure in Solution of Acyl-Coenzyme a Binding Protein from Bovine Liver Using 1H Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Andersen, K.V. / Ludvigsen, S. / Mandrup, S. / Knudsen, J. / Poulsen, F.M.
#3: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1987
タイトル: Amino Acid Sequence of Acyl-Coa-Binding Protein from Cow Liver
著者: Mikkelsen, J. / Hojrup, P. / Nielsen, P.F. / Roepstorff, P. / Knudsen, J.
履歴
登録1992年11月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月23日Group: Other
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年4月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9553
ポリマ－9,9311
非ポリマー1,0242
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ACYL-COENZYME A BINDING PROTEIN


分子量: 9931.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: LIVER肝臓 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07107
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
DIANAGUNTERT精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE THERMAL PARAMETERS GIVEN IN THIS ENTRY REPRESENT THE ATOMIC RMS DEVIATION OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS CALCULATED BY FITTING C, N, AND CA ATOMS OF THE ...詳細: THE THERMAL PARAMETERS GIVEN IN THIS ENTRY REPRESENT THE ATOMIC RMS DEVIATION OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS CALCULATED BY FITTING C, N, AND CA ATOMS OF THE HELICES. THE ATOMS USED FOR FITTING ARE INDICATED BY OCCUPANCIES EQUAL TO 1.00.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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