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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fkz | ||||||
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タイトル | Structure of E.coli Constitutive lysine decarboxylase | ||||||
要素 | LYSINE DECARBOXYLASE, CONSTITUTIVEリシンデカルボキシラーゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / ACID-STRESS / LYSINE DECARBOXYLASE (リシンデカルボキシラーゼ) / RAVA / CAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 リシンデカルボキシラーゼ / lysine catabolic process / lysine decarboxylase activity / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kandiah, E. / Carriel, D. / Perard, J. / Malet, H. / Bacia, M. / Liu, K. / Chan, S.W.S. / Houry, W.A. / Ollagnier de Choudens, S. / Elsen, S. / Gutsche, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Structural insights into the Escherichia coli lysine decarboxylases and molecular determinants of interaction with the AAA+ ATPase RavA. 著者: Eaazhisai Kandiah / Diego Carriel / Julien Perard / Hélène Malet / Maria Bacia / Kaiyin Liu / Sze W S Chan / Walid A Houry / Sandrine Ollagnier de Choudens / Sylvie Elsen / Irina Gutsche / 要旨: The inducible lysine decarboxylase LdcI is an important enterobacterial acid stress response enzyme whereas LdcC is its close paralogue thought to play mainly a metabolic role. A unique ...The inducible lysine decarboxylase LdcI is an important enterobacterial acid stress response enzyme whereas LdcC is its close paralogue thought to play mainly a metabolic role. A unique macromolecular cage formed by two decamers of the Escherichia coli LdcI and five hexamers of the AAA+ ATPase RavA was shown to counteract acid stress under starvation. Previously, we proposed a pseudoatomic model of the LdcI-RavA cage based on its cryo-electron microscopy map and crystal structures of an inactive LdcI decamer and a RavA monomer. We now present cryo-electron microscopy 3D reconstructions of the E. coli LdcI and LdcC, and an improved map of the LdcI bound to the LARA domain of RavA, at pH optimal for their enzymatic activity. Comparison with each other and with available structures uncovers differences between LdcI and LdcC explaining why only the acid stress response enzyme is capable of binding RavA. We identify interdomain movements associated with the pH-dependent enzyme activation and with the RavA binding. Multiple sequence alignment coupled to a phylogenetic analysis reveals that certain enterobacteria exert evolutionary pressure on the lysine decarboxylase towards the cage-like assembly with RavA, implying that this complex may have an important function under particular stress conditions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fkz.cif.gz | 105.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fkz.ent.gz | 69.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fkz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fk/5fkz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 10
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80417.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): MG1655 参照: UniProt: P52095, リシンデカルボキシラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E.coli Constitutive Lysine Decarboxylase / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 25 MM HEPES, 100 MM NACL, 0.2 MM PLP, 1 MM DTT, PH 7.2 pH: 7.2 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 91, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III, METHOD- BLOT FOR 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年7月17日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4290 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 540 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 91 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 206 |
-解析
CTF補正 | 詳細: INDIVIDUAL PARTICLE WAS APPLIED FULL CTF CORRECTION AFTER FIRST PEAK | ||||||||||||
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対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 5.5 Å / ピクセルサイズ(公称値): 1.186 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.186 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3205. (DEPOSITION ID: 13909). | ||||||||||||
原子モデル構築 | 手法: CROSS-CORRELATION, ENERGY / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: X-ray | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 5.5 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 5.5 Å
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