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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cct | |||||||||
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タイトル | Dengue 1 cryo-EM reconstruction | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS (ウイルス) / FLAVIVIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / : / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / カプシド / : / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | DENGUE VIRUS 1 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B, C, D, E, F | |||||||||
データ登録者 | Kostyuchenko, V.A. / Zhang, Q. / Tan, J.L. / Ng, T.S. / Lok, S.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: Immature and mature dengue serotype 1 virus structures provide insight into the maturation process. 著者: Victor A Kostyuchenko / Qian Zhang / Joanne L Tan / Thiam-Seng Ng / Shee-Mei Lok / 要旨: Dengue virus is a major human pathogen that has four serotypes (DENV1 to -4). Here we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of immature and mature DENV1 at 6- and 4.5-Å resolution, ...Dengue virus is a major human pathogen that has four serotypes (DENV1 to -4). Here we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of immature and mature DENV1 at 6- and 4.5-Å resolution, respectively. The subnanometer-resolution maps allow accurate placement of all of the surface proteins. Although the immature and mature viruses showed vastly different surface protein organizations, the envelope protein transmembrane (E-TM) regions remain in similar positions. The pivotal role of the E-TM regions leads to the identification of the start and end positions of all surface proteins during maturation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cct.cif.gz | 62.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cct.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4cct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/4cct | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53908.828 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DENGUE VIRUS 1 (デング熱ウイルス) / 株: PVP159 (DEN1/SG/07K3640DK1/2008) / 参照: UniProt: G3F5K5 #2: タンパク質 | 分子量: 8042.396 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DENGUE VIRUS 1 (デング熱ウイルス) / 株: PVP159 (DEN1/SG/07K3640DK1/2008) / 参照: UniProt: G3F5K5 配列の詳細 | LABORATORY STRAIN, HAS SEVERAL MUTATIONS COMPARED TO ITS PART OF WHOLE POLYPROTEIN DESCRIBED IN ...LABORATORY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MATURE DENGUE VIRUS 1 / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年12月16日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 倍率(補正後): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3441 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 989 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K |
撮影 | 電子線照射量: 18 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 791 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: WIENER FILTER WEIGHTING EACH PARTICLE DURING 3D RECONSTRUCTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: CROSS-COMMON LINES IN MPSA / 解像度: 4.5 Å / 粒子像の数: 6412 / ピクセルサイズ(公称値): 1.2 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.2 Å 詳細: FTER MODELING THE STRUCTURES WERE REGULARIZED USING MOLECULAR DYNAMICS WITH FLEXIBLE MOLECULAR DYNAMICS WITH FLEXIBLE FITTING PROTOCOL. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD- ...詳細: FTER MODELING THE STRUCTURES WERE REGULARIZED USING MOLECULAR DYNAMICS WITH FLEXIBLE MOLECULAR DYNAMICS WITH FLEXIBLE FITTING PROTOCOL. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2142.(DEPOSITION ID: 10897). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL 詳細: METHOD--LOCAL CORRELATION REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1TG8 | ||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.5 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.5 Å
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