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万見
- EMDB-8718: Domain identification of Penicillium Chrysogenum UGGT by labeling... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8718
タイトルDomain identification of Penicillium Chrysogenum UGGT by labeling the protein with monovalent streptavidin
マップデータThe negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)
試料
  • 複合体: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / 胞子 / anatomical structure development / protein glycosylation / 細胞分化 / 小胞体
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain ...UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain / Glucosyltransferase 24 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium chrysogenum (菌類)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Calles-Garcia D / Yang M / Vargas J / Melero R / Soya N / Menade M / Ito Y / Lukacs G / Kollman J / Kozlov G / Gehring K
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (Canada)RGPIN-2014-04686 カナダ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2017
タイトル: Single-particle electron microscopy structure of UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase suggests a selectivity mechanism for misfolded proteins.
著者: Daniel Calles-Garcia / Meng Yang / Naoto Soya / Roberto Melero / Marie Ménade / Yukishige Ito / Javier Vargas / Gergely L Lukacs / Justin M Kollman / Guennadi Kozlov / Kalle Gehring /
要旨: The enzyme UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) mediates quality control of glycoproteins in the endoplasmic reticulum by attaching glucose to -linked glycan of misfolded proteins. As ...The enzyme UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) mediates quality control of glycoproteins in the endoplasmic reticulum by attaching glucose to -linked glycan of misfolded proteins. As a sensor, UGGT ensures that misfolded proteins are recognized by the lectin chaperones and do not leave the secretory pathway. The structure of UGGT and the mechanism of its selectivity for misfolded proteins have been unknown for 25 years. Here, we used negative-stain electron microscopy and small-angle X-ray scattering to determine the structure of UGGT from at 18-Å resolution. Three-dimensional reconstructions revealed a cage-like structure with a large central cavity. Particle classification revealed flexibility that precluded determination of a high-resolution structure. Introduction of biotinylation sites into a fungal UGGT expressed in allowed identification of the catalytic and first thioredoxin-like domains. We also used hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry to map the binding site of an accessory protein, Sep15, to the first thioredoxin-like domain. The UGGT structural features identified suggest that the central cavity contains the catalytic site and is lined with hydrophobic surfaces. This enhances the binding of misfolded substrates with exposed hydrophobic residues and excludes folded proteins with hydrophilic surfaces. In conclusion, we have determined the UGGT structure, which enabled us to develop a plausible functional model of the mechanism for UGGT's selectivity for misfolded glycoproteins.
履歴
登録2017年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月17日-
マップ公開2017年5月24日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.38
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.38
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8718.png

emd_8718_1.png

emd_8718_2.png

emd_8718_3.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8718.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.38 / ムービー #1: 1.38
最小 - 最大-2.7388434 - 2.7282717
平均 (標準偏差)-0.0066098776 (±0.22511756)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 252.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-2.7392.728-0.007

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添付データ

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追加マップ: The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum...

ファイルemd_8718_additional_1.map
注釈The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) with a biotinylation site inserted after lysine 261
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum...

ファイルemd_8718_additional_2.map
注釈The negative stain EM map of Penicillium Chrysogenum UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) with a biotinylation site inserted after aspartic acid 1377
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)

全体名称: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)
要素
  • 複合体: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)

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超分子 #1: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT)

超分子名称: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Penicillium chrysogenum (菌類)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: SF9
分子量実験値: 175 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.0075 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC4H11NO3Tris(hydroxymethyl) Aminomethane
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム

詳細: Buffer was filtered through a 0.22um filter
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Freshly prepared uranyl formate at 0.75% was applied on the grids for 60s and then blotted
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: EMAN-e2initialmodel
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.0) / 詳細: EMAN-e2initialmodel
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア: (名称: EMAN, Scipion)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: EMAN, RELION) / 詳細: EMAN and Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: EMAN, Scipion) / 使用した粒子像数: 32712
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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