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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3677 | |||||||||
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タイトル | Structure of the heterohexameric yeast Rvb1-Rvb2 complex | |||||||||
マップデータ | Structure of the heterohexameric yeast Rvb1p-Rvb2p complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / 5'-3' DNA helicase activity / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / rRNA processing / ヘリカーゼ ...R2TP complex / Swr1 complex / Ino80 complex / 5'-3' DNA helicase activity / box C/D snoRNP assembly / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / DNA helicase activity / rRNA processing / ヘリカーゼ / protein stabilization / クロマチンリモデリング / DNA修復 / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Rivera-Calzada A / Pal M / Munoz-Hernandez H / Luque-Ortega JR / Gil-Carton D / Degliesposti G / Skehel JM / Prodromou C / Pearl LH / Llorca O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: The Structure of the R2TP Complex Defines a Platform for Recruiting Diverse Client Proteins to the HSP90 Molecular Chaperone System. 著者: Angel Rivera-Calzada / Mohinder Pal / Hugo Muñoz-Hernández / Juan R Luque-Ortega / David Gil-Carton / Gianluca Degliesposti / J Mark Skehel / Chrisostomos Prodromou / Laurence H Pearl / Oscar Llorca / 要旨: The R2TP complex, comprising the Rvb1p-Rvb2p AAA-ATPases, Tah1p, and Pih1p in yeast, is a specialized Hsp90 co-chaperone required for the assembly and maturation of multi-subunit complexes. These ...The R2TP complex, comprising the Rvb1p-Rvb2p AAA-ATPases, Tah1p, and Pih1p in yeast, is a specialized Hsp90 co-chaperone required for the assembly and maturation of multi-subunit complexes. These include the small nucleolar ribonucleoproteins, RNA polymerase II, and complexes containing phosphatidylinositol-3-kinase-like kinases. The structure and stoichiometry of yeast R2TP and how it couples to Hsp90 are currently unknown. Here, we determine the 3D organization of yeast R2TP using sedimentation velocity analysis and cryo-electron microscopy. The 359-kDa complex comprises one Rvb1p/Rvb2p hetero-hexamer with domains II (DIIs) forming an open basket that accommodates a single copy of Tah1p-Pih1p. Tah1p-Pih1p binding to multiple DII domains regulates Rvb1p/Rvb2p ATPase activity. Using domain dissection and cross-linking mass spectrometry, we identified a unique region of Pih1p that is essential for interaction with Rvb1p/Rvb2p. These data provide a structural basis for understanding how R2TP couples an Hsp90 dimer to a diverse set of client proteins and complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3677.map.gz | 2.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3677-v30.xml emd-3677.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3677.png | 397.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3677 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3677 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3677.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the heterohexameric yeast Rvb1p-Rvb2p complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Yeast heterohexameric complex
全体 | 名称: Yeast heterohexameric complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Yeast heterohexameric complex
超分子 | 名称: Yeast heterohexameric complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta (DE3) pLysS |
分子量 | 実験値: 306 KDa |
-分子 #1: Rvb1p
分子 | 名称: Rvb1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH M MVAISEVK ENPGVNSSNS GAVTRTAAHT HIKGLGLDES GVAKRVEGGF VGQIEAREAC GV IVDLIKA KKMSGRAILL AGGPSTGKTA LALAISQELG PKVPFCPLVG SELYSVEVKK TET LMENFR RAIGLRIKET KEVYEGEVTE ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH M MVAISEVK ENPGVNSSNS GAVTRTAAHT HIKGLGLDES GVAKRVEGGF VGQIEAREAC GV IVDLIKA KKMSGRAILL AGGPSTGKTA LALAISQELG PKVPFCPLVG SELYSVEVKK TET LMENFR RAIGLRIKET KEVYEGEVTE LTPEDAENPL GGYGKTISHV IVGLKSAKGT KTLR LDPTI YESIQREKVS IGDVIYIEAN TGAVKRVGRS DAYATEFDLE TEEYVPLPKG EVHKK KEIV QDVTLHDLDV ANARPQGGQD VISMMGQLLK PKKTEITEKL RQEVNKVVAK YIDQGV AEL IPGVLFIDEV NMLDIEIFTY LNKALESNIA PVVVLASNRG MTTVRGTEDV ISPHGVP PD LIDRLLIVRT LPYDKDEIRT IIERRATVER LQVESSALDL LATMGTETSL RYALQLLA P CGILAQTSNR KEIVVNDVNE AKLLFLDAKR STKILETSAN YL |
-分子 #2: Rvb2p
分子 | 名称: Rvb2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEQKLISEED LLRSEEQKLI SEEDLLRSEE QKLISEEDLL RSE SRGSHH HHHHLEVLFQ GPAS MSIQT SDPNETSDLK SLSLIAAHSH ITGLGLDENL QPRPTSEGMV GQLQARRAAG VILKM VQNG TIAGRAVLVA GPPSTGKTAL AMGVSQSLGK DVPFTAIAGS ...文字列: MEQKLISEED LLRSEEQKLI SEEDLLRSEE QKLISEEDLL RSE SRGSHH HHHHLEVLFQ GPAS MSIQT SDPNETSDLK SLSLIAAHSH ITGLGLDENL QPRPTSEGMV GQLQARRAAG VILKM VQNG TIAGRAVLVA GPPSTGKTAL AMGVSQSLGK DVPFTAIAGS EIFSLELSKT EALTQA FRK SIGIKIKEET ELIEGEVVEI QIDRSITGGH KQGKLTIKTT DMETIYELGN KMIDGLT KE KVLAGDVISI DKASGKITKL GRSFARSRDY DAMGADTRFV QCPEGELQKR KTVVHTVS L HEIDVINSRT QGFLALFTGD TGEIRSEVRD QINTKVAEWK EEGKAEIVPG VLFIDEVHM LDIECFSFIN RALEDEFAPI VMMATNRGVS KTRGTNYKSP HGLPLDLLDR SIIITTKSYN EQEIKTILS IRAQEEEVEL SSDALDLLTK TGVETSLRYS SNLISVAQQI AMKRKNNTVE V EDVKRAYL LFLDSARSVK YVQENESQYI DDQGNVQISI AKSADPDAMD TTE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.45 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-19 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 詳細: Data was collected at two different tilts: 0 and 35 degrees. |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 346693 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 24835 |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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