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万見
- EMDB-3550: Putative final stage of viral DNA ejection in membrane-containing... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3550
タイトルPutative final stage of viral DNA ejection in membrane-containing bacteriophage PRD1
マップデータoriginal reconstructed 3D volume - please image in ImageJ and/or Amira
試料
  • ウイルス: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
生物種Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Abrescia NGA
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2017
タイトル: Membrane-assisted viral DNA ejection.
著者: Isaac Santos-Pérez / Hanna M Oksanen / Dennis H Bamford / Felix M Goñi / David Reguera / Nicola G A Abrescia /
要旨: Genome packaging and delivery are fundamental steps in the replication cycle of all viruses. Icosahedral viruses with linear double-stranded DNA (dsDNA) usually package their genome into a preformed, ...Genome packaging and delivery are fundamental steps in the replication cycle of all viruses. Icosahedral viruses with linear double-stranded DNA (dsDNA) usually package their genome into a preformed, rigid procapsid using the power generated by a virus-encoded packaging ATPase. The pressure and stored energy due to this confinement of DNA at a high density is assumed to drive the initial stages of genome ejection. Membrane-containing icosahedral viruses, such as bacteriophage PRD1, present an additional architectural complexity by enclosing their genome within an internal membrane vesicle. Upon adsorption to a host cell, the PRD1 membrane remodels into a proteo-lipidic tube that provides a conduit for passage of the ejected linear dsDNA through the cell envelope. Based on volume analyses of PRD1 membrane vesicles captured by cryo-electron tomography and modeling of the elastic properties of the vesicle, we propose that the internal membrane makes a crucial and active contribution during infection by maintaining the driving force for DNA ejection and countering the internal turgor pressure of the host. These novel functions extend the role of the PRD1 viral membrane beyond tube formation or the mere physical confinement of the genome. The presence and assistance of an internal membrane might constitute a biological advantage that extends also to other viruses that package their linear dsDNA to high density within an internal vesicle.
履歴
登録2016年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2020年4月1日-
現状2020年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3550.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3550.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈original reconstructed 3D volume - please image in ImageJ and/or Amira
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.8 Å
密度
最小 - 最大-5.4006567 - 4.9609294
平均 (標準偏差)0.007204139 (±0.9889146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 1232.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.88.88.8
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1232.0001232.0001232.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-5.4014.9610.007

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添付データ

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追加マップ: denoised 3D reconstructed tomogram using TOMOAND

ファイルemd_3550_additional.map
注釈denoised 3D reconstructed tomogram using TOMOAND
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterobacteria phage PRD1

全体名称: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Enterobacteria phage PRD1 (ファージ)

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超分子 #1: Enterobacteria phage PRD1

超分子名称: Enterobacteria phage PRD1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10658 / 生物種: Enterobacteria phage PRD1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
分子量実験値: 66 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: PRD1 / 直径: 650.0 Å / T番号(三角分割数): 25

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
名称式
Phosphateリン酸塩
Magnesium ChlorideMgCl2
グリッドモデル: QUANTIFOIL R 2/1 (or R 3.5/1) / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Blot for 4 seconds before plunging.
詳細20 mM Phosphate Buffer 1 mM MgCl2
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion BSA gold tracer / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 1.3 e/Å2

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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