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- EMDB-7099: Cryo-EM structure of ATP-bound, outward-facing bovine multidrug r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7099
タイトルCryo-EM structure of ATP-bound, outward-facing bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1)
マップデータFull map scaled to model, B-factor sharpened with a sharpening factor of -75 A^2.
試料
  • 複合体: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance-associated protein 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
キーワードABC transporter / multidrug resistance (多剤耐性) / outward facing / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity ...Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Johnson ZL / Chen J
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
The Rockefeller University 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund for Medical Research 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: ATP Binding Enables Substrate Release from Multidrug Resistance Protein 1.
著者: Zachary Lee Johnson / Jue Chen /
要旨: The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-driven pump that confers resistance to chemotherapy. Previously, we have shown that intracellular substrates are recruited to a bipartite binding site ...The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-driven pump that confers resistance to chemotherapy. Previously, we have shown that intracellular substrates are recruited to a bipartite binding site when the transporter rests in an inward-facing conformation. A key question remains: how are high-affinity substrates transferred across the membrane and released outside the cell? Using electron cryomicroscopy, we show here that ATP binding opens the transport pathway to the extracellular space and reconfigures the substrate-binding site such that it relinquishes its affinity for substrate. Thus, substrate is released prior to ATP hydrolysis. With this result, we now have a complete description of the conformational cycle that enables substrate transfer in a eukaryotic ABC exporter.
履歴
登録2017年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月22日-
マップ公開2017年12月27日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bhu
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7099.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map scaled to model, B-factor sharpened with a sharpening factor of -75 A^2.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.817 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-4.9317555 - 9.895077000000001
平均 (標準偏差)0.008479072 (±0.23633268)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 313.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8170.8170.817
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.728313.728313.728
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-4.9329.8950.008

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添付データ

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追加マップ: Full map scaled to model, unsharpened.

ファイルemd_7099_additional.map
注釈Full map scaled to model, unsharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 scaled to model, unsharpened.

ファイルemd_7099_half_map_1.map
注釈Half map 2 scaled to model, unsharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 scaled to model, unsharpened.

ファイルemd_7099_half_map_2.map
注釈Half map 1 scaled to model, unsharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q

全体名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q
要素
  • 複合体: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance-associated protein 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール

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超分子 #1: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q

超分子名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) E1454Q / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: Multidrug resistance-associated protein 1

分子名称: Multidrug resistance-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 183.074062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)MAL RDFCSVDGSD LFWEWNVTWN TSNPDFTKCF QNTVLVW VP CSYLWVCFPF YFLYLSHHDR GYIQMTHLNK AKTALGFLLW IVCWADLFYS FWERSMGKLL APVFLVSPTL LGITMLLA T FLIQIERRRG VQSSGIMLTF WLIALLCALA ILRSKIMTAL KEDARVDVFR DVTFYIYFSL VLIQLVLSCF SDRSPLFSE TINDPNPCPE SSASFLSRIT FWWITGMMVQ GYRQPLESTD LWSLNKEDTS EQVVPVLVKN WKKECAKSRK QPVKIVYSSK DPAKPKGSS KVDVNEEAEA LIVKCPQKER DPSLFKVLYK TFGPYFLMSF LFKAVHDLMM FAGPEILKLL INFVNDKKAP E WQGYFYTA LLFISACLQT LVLHQYFHIC FVSGMRIKTA VIGAVYRKAL VITNAARKSS TVGEIVNLMS VDAQRFMDLA TY INMIWSA PLQVILALYL LWLNLGPSVL AGVAVMVLMV PLNAVMAMKT KTYQVAHMKS KDNRIKLMNE ILNGIKVLKL YAW ELAFKD KVLAIRQEEL KVLKKSAYLA AVGTFTWVCT PFLVALSTFA VYVTVDENNI LDAQKAFVSL ALFNILRFPL NILP MVISS IVQASVSLKR LRVFLSHEDL DPDSIQRRPI KDAGATNSIT VKNATFTWAR NDPPTLHGIT FSVPEGSLVA VVGQV GCGK SSLLSALLAE MDKVEGHVTV KGSVAYVPQQ AWIQNISLRE NILFGRQLQE RYYKAVVEAC ALLPDLEILP SGDRTE IGE KGVNLSGGQK QRVSLARAVY CDSDVYLLDD PLSAVDAHVG KHIFENVIGP KGLLKNKTRL LVTHAISYLP QMDVIIV MS GGKISEMGSY QELLARDGAF AEFLRTYASA EQEQGQPEDG LAGVGGPGKE VKQMENGMLV TDTAGKQMQR QLSSSSSY S RDVSQHHTST AELRKPGPTE ETWKLVEADK AQTGQVKLSV YWDYMKAIGL FISFLSIFLF LCNHVASLVS NYWLSLWTD DPIVNGTQEH TQVRLSVYGA LGISQGITVF GYSMAVSIGG IFASRRLHLD LLHNVLRSPI SFFERTPSGN LVNRFSKELD TVDSMIPQV IKMFMGSLFN VIGACIIILL ATPMAAVIIP PLGLIYFFVQ RFYVASSRQL KRLESVSRSP VYSHFNETLL G VSVIRAFE EQERFIRQSD LKVDENQKAY YPSIVANRWL AVRLECVGNC IVLFASLFAV ISRHSLSAGL VGLSVSYSLQ VT TYLNWLV RMSSEMETNI VAVERLKEYS ETEKEAPWQI QDMAPPKDWP QVGRVEFRDY GLRYREDLDL VLKHINVTID GGE KVGIVG RTGAGKSSLT LGLFRIKESA EGEIIIDDIN IAKIGLHDLR FKITIIPQDP VLFSGSLRMN LDPFSQYSDE EVWT SLELA HLKGFVSALP DKLNHECAEG GENLSVGQRQ LVCLARALLR KTKILVLDQA TAAVDLETDD LIQSTIRTQF DDCTV LTIA HRLNTIMDYT RVIVLDKGEI QEWGSPSDLL QQRGLFYSMA KDSGLVSNSL EVLFQ

UniProtKB: Multidrug resistance-associated protein 1

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
150.0 mMKCl
50.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
2.0 mMMgCl2
2.0 mMDTT
0.06 %Digitoninジギトニン
3.0 mMFos-Choline-8, fluorinated
80.0 uMLeukotriene C4
2.5 %DMSOジメチルスルホキシド
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 400-mesh Au Holey Carbon Grids
材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 37000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4210 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 84.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 354752
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8560

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 354752

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6bhu:
Cryo-EM structure of ATP-bound, outward-facing bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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