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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3640 | |||||||||
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タイトル | 2.9S structure of the 70S ribosome composing the S. aureus 100S complex | |||||||||
マップデータ | 2.9A cryo-EM map of one of the 70S ribosomes composing the S. aureus 100S complex | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Matzov D / Aibara S / Zimmerman E / Bashan A / Amunts A / Yonath A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: The cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pathogenic Staphylococcus aureus. 著者: Donna Matzov / Shintaro Aibara / Arnab Basu / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan F Yap / Alexey Amunts / Ada E Yonath / 要旨: Formation of 100S ribosome dimer is generally associated with translation suppression in bacteria. Trans-acting factors ribosome modulation factor (RMF) and hibernating promoting factor (HPF) were ...Formation of 100S ribosome dimer is generally associated with translation suppression in bacteria. Trans-acting factors ribosome modulation factor (RMF) and hibernating promoting factor (HPF) were shown to directly mediate this process in E. coli. Gram-positive S. aureus lacks an RMF homolog and the structural basis for its 100S formation was not known. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the native 100S ribosome from S. aureus, revealing the molecular mechanism of its formation. The structure is distinct from previously reported analogs and relies on the HPF C-terminal extension forming the binding platform for the interactions between both of the small ribosomal subunits. The 100S dimer is formed through interactions between rRNA h26, h40, and protein uS2, involving conformational changes of the head as well as surface regions that could potentially prevent RNA polymerase from docking to the ribosome.Under conditions of nutrient limitation, bacterial ribosomes undergo dimerization, forming a 100S complex that is translationally inactive. Here the authors present the structural basis for formation of the 100S complexes in Gram-positive bacteria, shedding light on the mechanism of translation suppression by the ribosome-silencing factors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3640.map.gz | 29.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3640-v30.xml emd-3640.xml | 91.8 KB 91.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3640.png | 70.9 KB | ||
その他 | emd_3640_additional_1.map.gz emd_3640_additional_2.map.gz emd_3640_half_map_1.map.gz emd_3640_half_map_2.map.gz | 12.3 MB 8.8 MB 193.6 MB 193.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3640 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3640 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3640_validation.pdf.gz | 390 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3640_full_validation.pdf.gz | 389.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3640_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3640 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3640 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2.9A cryo-EM map of one of the 70S ribosomes composing the S. aureus 100S complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: cryo-EM map of one of the 70S ribosomes...
ファイル | emd_3640_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map of one of the 70S ribosomes composing the S. aureus 100S complex with applied mask on the 50S | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: cryo-EM map of one of the 70S ribosomes...
ファイル | emd_3640_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM map of one of the 70S ribosomes composing the S. aureus 100S complex with applied mask on the 30S | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half map of the 70S map
ファイル | emd_3640_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First half map of the 70S map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half map of the 70S map
ファイル | emd_3640_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half map of the 70S map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 70S ribosome of the S. aureus 100S complex
+超分子 #1: 70S ribosome of the S. aureus 100S complex
+超分子 #2: 30S subunit
+超分子 #3: 16S rRNA
+超分子 #4: 30S ribosomal proteins
+超分子 #5: 50S subunit
+超分子 #6: 23S and 5S rRNA
+超分子 #7: 50S ribosomal proteins
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #23: 23S Ribosomal RNA
+分子 #24: 5S Ribosomal RNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4
+分子 #5: 30S ribosomal protein S5
+分子 #6: 30S ribosomal protein S6
+分子 #7: 30S ribosomal protein S7
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8
+分子 #9: 30S ribosomal protein S9
+分子 #10: 30S ribosomal protein S10
+分子 #11: 30S ribosomal protein S11
+分子 #12: 30S ribosomal protein S12
+分子 #13: 30S ribosomal protein S13
+分子 #14: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #15: 30S ribosomal protein S15
+分子 #16: 30S ribosomal protein S16
+分子 #17: 30S ribosomal protein S17
+分子 #18: 30S ribosomal protein S18
+分子 #19: 30S ribosomal protein S19
+分子 #20: 30S ribosomal protein S20
+分子 #21: 30S ribosomal protein S21
+分子 #22: Ribosome hibernation promoting factor
+分子 #25: 50S ribosomal protein L2
+分子 #26: 50S ribosomal protein L3
+分子 #27: 50S ribosomal protein L4
+分子 #28: 50S ribosomal protein L5
+分子 #29: 50S ribosomal protein L6
+分子 #30: 50S ribosomal protein L13
+分子 #31: 50S ribosomal protein L14
+分子 #32: 50S ribosomal protein L15
+分子 #33: 50S ribosomal protein L16
+分子 #34: 50S ribosomal protein L17
+分子 #35: 50S ribosomal protein L18
+分子 #36: 50S ribosomal protein L19
+分子 #37: 50S ribosomal protein L20
+分子 #38: 50S ribosomal protein L21
+分子 #39: 50S ribosomal protein L22
+分子 #40: 50S ribosomal protein L23
+分子 #41: 50S ribosomal protein L24
+分子 #42: 50S ribosomal protein L25
+分子 #43: 50S ribosomal protein L27
+分子 #44: 50S ribosomal protein L28
+分子 #45: 50S ribosomal protein L29
+分子 #46: 50S ribosomal protein L30
+分子 #47: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #48: 50S ribosomal protein L32
+分子 #49: 50S ribosomal protein L33
+分子 #50: 50S ribosomal protein L34
+分子 #51: 50S ribosomal protein L35
+分子 #52: 50S ribosomal protein L36
+分子 #53: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 224554 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |