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- PDB-9rsa: CRYSTAL STRUCTURE OF TWO COVALENT NUCLEOSIDE DERIVATIVES OF RIBON... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9rsa
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF TWO COVALENT NUCLEOSIDE DERIVATIVES OF RIBONUCLEASE A
要素RIBONUCLEASE APancreatic ribonuclease family
キーワードHYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXY-3'-ACETAMIDO-URIDINE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nachman, J. / Wlodawer, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Crystal structure of two covalent nucleoside derivatives of ribonuclease A.
著者: Nachman, J. / Miller, M. / Gilliland, G.L. / Carty, R. / Pincus, M. / Wlodawer, A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Structure of Phosphate-Free Ribonuclease A Refined at 1.26 Angstroms
著者: Wlodawer, A. / Svensson, L.A. / Sjolin, L. / Gilliland, G.L.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1986
タイトル: Multiple Conformations of Amino Acid Residues in Ribonuclease A
著者: Svensson, L.A. / Sjolin, L. / Gilliland, G.L. / Finzel, B.C. / Wlodawer, A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: Comparison of Two Independently Refined Models of Ribonuclease-A
著者: Wlodawer, A. / Borkakoti, N. / Moss, D.S. / Howlin, B.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: The Refined Crystal Structure of Ribonuclease A at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Wlodawer, A. / Bott, R. / Sjolin, L.
履歴
登録1989年8月28日-
改定 1.01991年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF ...SHEET THIS STRUCTURE CONTAINS TWO SHEETS. SHEET S1 COMPRISES THREE STRANDS. IN THE SECOND STRAND OF SHEET S1, RESIDUES 88 AND 89 *BULGE OUT*. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 2, TWO SHEETS (S1A AND S1B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1 AND 3 OF *SHEETS* S1A AND S1B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 2 DIFFERS. SHEET S2 COMPRISES FOUR STRANDS. RESIDUE 120 DOES NOT PROPERLY BELONG IN STRAND 4 OF SHEET S2. IN ORDER TO REPRESENT THIS BREAK IN STRAND 4, TWO SHEETS (S2A AND S2B) ARE DEFINED BELOW. STRANDS 1,2,3 OF *SHEETS* S2A AND S2B ARE, THEREFORE, IDENTICAL AND STRAND 4 DIFFERS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE A
B: RIBONUCLEASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9874
ポリマ－27,4172
非ポリマー5712
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.750, 64.100, 73.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: RESIDUES 93 AND 114 OF EACH CHAIN ARE CIS PROLINES. / 2: IN ADU A 125 ONLY THE AMINOACYL LINK IS PRESENT. / 3: SEE REMARK 9.

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE A / Pancreatic ribonuclease family


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: S2 / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-ADU / 3'-DEOXY-3'-ACETAMIDO-URIDINE / ((((3'-DEOXY-3'-URIDINYL)-AMINO)CARBONYL)METHYL)


分子量: 285.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N3O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.45 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.1 / 手法: unknown / 詳細: pH was adjusted to 5.1 with acetate buffer
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
128 %ammonium sulfate1drop
23 M1dropCsCl
325-30 mg/mlenzyme1drop

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 2 Å / Num. obs: 19632 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Num. measured all: 162247 / Rmerge(I) obs: 0.078

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / Rfactor obs: 0.196
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 23 181 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0460.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.372
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.613
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1660.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1820.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2220.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2840.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor37.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.410
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor16.110
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.188
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.375
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.808
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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