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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q3p | ||||||
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タイトル | Bacterial transcription termination factor Rho G150D mutant | ||||||
要素 | Transcription termination factor Rho | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Rho / termination | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia (エスケリキア属) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Said, N. / Hilal, T. / Wahl, M.C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Transcription termination factor ρ polymerizes under stress. 著者: Bing Wang / Nelly Said / Tarek Hilal / Mark Finazzo / Markus C Wahl / Irina Artsimovitch / 要旨: Bacterial RNA helicase ρ is a genome sentinel that terminates synthesis of damaged and junk RNAs that are not translated by the ribosome. Co-transcriptional RNA surveillance by ρ is essential for ...Bacterial RNA helicase ρ is a genome sentinel that terminates synthesis of damaged and junk RNAs that are not translated by the ribosome. Co-transcriptional RNA surveillance by ρ is essential for quality control of the transcriptome during optimal growth. However, it is unclear how bacteria protect their RNAs from overzealous ρ during dormancy or stress, conditions common in natural habitats. Here we used cryogenic electron microscopy, biochemical, and genetic approaches to show that residue substitutions, ADP, or ppGpp promote hyper-oligomerization of ρ. Our results demonstrate that nucleotides bound at subunit interfaces control ρ switching from active hexamers to inactive higher-order oligomers and extended filaments. Polymers formed upon exposure to antibiotics or ppGpp disassemble when stress is relieved, thereby directly linking termination activity to cellular physiology. Inactivation of ρ through hyper-oligomerization is a regulatory strategy shared by RNA polymerases, ribosomes, and metabolic enzymes across all life. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q3p.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q3p.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q3p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48616.809 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia (エスケリキア属) / 遺伝子: rho / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0GPI6 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Filament of Rho mutant G150D / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 2.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 40.57 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2511 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 54.26 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.76 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 495704 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140359 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 96.4 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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