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- PDB-8prk: THE R78K AND D117E ACTIVE SITE VARIANTS OF SACCHAROMYCES CEREVISI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8prk
タイトルTHE R78K AND D117E ACTIVE SITE VARIANTS OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE SOLUBLE INORGANIC PYROPHOSPHATASE: STRUCTURAL STUDIES AND MECHANISTIC IMPLICATIONS
要素PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ENZYME MECHANISM (酵素反応) / IORGANIC PYROPHOSPHATASE / MUTANT STRUCTURES / 2-METAL ION MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Pyrophosphate hydrolysis / 無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
無機ピロホスファターゼ / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase signature. / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase superfamily / 無機ピロホスファターゼ / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / 無機ピロホスファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tuominen, V. / Heikinheimo, P. / Kajander, T. / Torkkel, T. / Hyytia, T. / Kapyla, J. / Lahti, R. / Cooperman, B.S. / Goldman, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The R78K and D117E active-site variants of Saccharomyces cerevisiae soluble inorganic pyrophosphatase: structural studies and mechanistic implications.
著者: Tuominen, V. / Heikinheimo, P. / Kajander, T. / Torkkel, T. / Hyytia, T. / Kapyla, J. / Lahti, R. / Cooperman, B.S. / Goldman, A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The Structural Basis for Pyrophosphatase Catalysis
著者: Heikinheimo, P. / Lehtonen, J. / Baykov, A. / Lahti, R. / Cooperman, B.S. / Goldman, A.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: A Site-Directed Mutagenesis Study of Saccharomyces Cerevisiae Pyrophosphatase Functional Conservation of the Active Site of Soluble Inorganic Pyrophosphatases
著者: Heikinheimo, P. / Pohjanjoki, P. / Helminen, A. / Tasanen, M. / Cooperman, B.S. / Goldman, A. / Baykov, A. / Lahti, R.
履歴
登録1998年9月16日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
B: PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,17710
ポリマ－64,6572
非ポリマー5208
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.700, 102.300, 117.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.799085, 0.601106, 0.011616), (0.601138, -0.799145, 0.000919), (0.009835, 0.006248, -0.999932)
ベクター: 34.7983, -102.6667, -90.4628)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (INORGANIC PYROPHOSPHATASE) / PPASE


分子量: 32328.555 Da / 分子数: 2 / 変異: R78K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: PPA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / キーワード: PRODUCT COMPLEX / 参照: UniProt: P00817, 無機ピロホスファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化pH: 6
詳細: 17-19 % MPD 25 MM MES, PH 6.0 1 MM MNCL2 0.5 MM NA2HPO4 10 MG/ML PROTEIN
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
225 mMMES1drop
31 mM1dropMnCl2
40.5 mMsodium hydrogen phosphate1drop
517 %(v/v)MPD1drop
619 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.891
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 54387 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / % possible all: 92.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.062 / Num. measured all: 524728
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WGJ

1wgj


解像度: 1.85→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 4376 8.6 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 51133 85.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4437 0 2367 2367 9171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.192
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.052.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 182 7.7 %
Rwork0.237 2177 -
obs--80.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noTopol fileParam file
X-RAY DIFFRACTION1TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPPO4.PRPROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3TOPH11.WATPARAMETER.ELEMENTS
X-RAY DIFFRACTION4TOPOLOGY.ELEMENTSPARAM11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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