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万見
- PDB-8ixv: Crystal structure of intracellular B30.2 domain of BTN3A in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ixv
タイトルCrystal structure of intracellular B30.2 domain of BTN3A in complex with 2Cl-HMBPP
要素Butyrophilin subfamily 3 member A1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Butyrophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / 獲得免疫系 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily ...Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-RZO / Butyrophilin subfamily 3 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Yang, Y.Y. / Yi, S.M. / Huang, J.W. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Phosphoantigens glue butyrophilin 3A1 and 2A1 to activate V gamma 9V delta 2 T cells.
著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / ...著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / Zhang, L. / Liu, X. / Yao, Y. / Zhou, S. / Li, X. / Shen, P. / Chang, Q. / Malwal, S.R. / He, Y. / Li, W. / Chen, C. / Chen, C.C. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Zhang, Y.
履歴
登録2023年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 3 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1594
ポリマ－22,6621
非ポリマー4973
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.774, 61.944, 75.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量: 22661.773 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 328-513 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00481
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-RZO / [bis(chloranyl)-[[(E)-3-methyl-4-oxidanyl-but-2-enoxy]-oxidanyl-phosphoryl]methyl]phosphonic acid


分子量: 329.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12Cl2O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Calcium acetate hydrate, PEG8000,Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→45.77 Å / Num. obs: 23485 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.46 % / Biso Wilson estimate: 20.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0482 / Net I/σ(I): 24.96
反射 シェル解像度: 1.72→1.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.2179 / Num. unique obs: 1167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.72→32.21 Å / SU ML: 0.2105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.2345
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 1144 4.94 %RANDOM
Rwork0.2001 21995 --
obs0.2022 23139 98.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→32.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 28 265 1807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1012155
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0693228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4179213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.72-1.80.3441270.27262740X-RAY DIFFRACTION99.79
1.8-1.890.26941520.23272722X-RAY DIFFRACTION99.97
1.89-2.010.23241430.20742749X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.170.26461630.21082733X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.380.25871350.20392779X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.730.26051520.20872761X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.2151560.1852800X-RAY DIFFRACTION99.8
3.44-32.210.23021160.1862711X-RAY DIFFRACTION91.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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