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万見
- PDB-8jye: Crystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of BTN3A1 and BTN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jye
タイトルCrystal Structure of Intracellular B30.2 Domain of BTN3A1 and BTN2A1 in Complex with HMBPP
要素(Butyrophilin subfamily ...) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Butyrophilin
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / lipid metabolic process / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H6P / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Butyrophilin subfamily 3 member A1 / Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Yuan, L.J. / Yang, Y.Y. / Li, X. / Cai, N.N. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. / Zhang, Y.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100711 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Phosphoantigens glue butyrophilin 3A1 and 2A1 to activate V gamma 9V delta 2 T cells.
著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / ...著者: Yuan, L. / Ma, X. / Yang, Y. / Qu, Y. / Li, X. / Zhu, X. / Ma, W. / Duan, J. / Xue, J. / Yang, H. / Huang, J.W. / Yi, S. / Zhang, M. / Cai, N. / Zhang, L. / Ding, Q. / Lai, K. / Liu, C. / Zhang, L. / Liu, X. / Yao, Y. / Zhou, S. / Li, X. / Shen, P. / Chang, Q. / Malwal, S.R. / He, Y. / Li, W. / Chen, C. / Chen, C.C. / Oldfield, E. / Guo, R.T. / Zhang, Y.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 2 member A1
B: Butyrophilin subfamily 2 member A1
C: Butyrophilin subfamily 3 member A1
D: Butyrophilin subfamily 3 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,26316
ポリマ－94,6774
非ポリマー1,58512
水7,098394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8600 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area33620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.823, 89.823, 169.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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Butyrophilin subfamily ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 2 member A1


分子量: 24676.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN2A1, BT2.1, BTF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7KYR7
#2: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量: 22661.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00481

-
非ポリマー , 6種, 406分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-H6P / (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate / HMBPP


分子量: 262.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O8P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 42% PEG200, 0.1 M HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97883 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→20.03 Å / Num. obs: 69590 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.18→2.25 Å / Num. unique obs: 6594 / CC1/2: 0.959

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZXK

5zxk


解像度: 2.18→20.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.857 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 3385 4.9 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1768 65335 98.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.05 Å2 / Biso mean: 44.08 Å2 / Biso min: 20.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.18→20.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6102 0 100 394 6596
Biso mean--57.59 52.85 -
残基数----759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0136393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.6578669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2911.5813581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1255761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.3820.693361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.371151019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6551557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021431
LS精密化 シェル解像度: 2.18→2.233 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 213 -
Rwork0.236 4567 -
obs--92.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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