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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ipk | ||||||
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タイトル | The structure of human mitochondrial methyltransferase METTL15 with SAM | ||||||
要素 | 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / human mitochondrial methyltransferase METTL15 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Lv, M.Q. / Zhou, W.W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the specific recognition of mitochondrial ribosome-binding factor hsRBFA and 12 S rRNA by methyltransferase METTL15. 著者: Lv, M. / Zhou, W. / Hao, Y. / Li, F. / Zhang, H. / Yao, X. / Shi, Y. / Zhang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ipk.cif.gz | 136.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ipk.ent.gz | 104.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ipk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/8ipk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ipiC 8iplC 8ipmC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37768.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL15, METT5D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A6NJ78, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 42% PEG 600, 0.2 M imidazole malate, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25.25 Å / Num. obs: 31270 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.003 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1647 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→25.245 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.245 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -34.5896 Å / Origin y: 10.3295 Å / Origin z: 14.9396 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 5 through 338) |