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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iih | |||||||||
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タイトル | H109C mutant of uracil DNA glycosylase X | |||||||||
要素 | Type-4 uracil-DNA glycosylase | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / UdgX / H109C / Mutant (ミュータント (人類)) / Protein (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil DNA N-glycosylase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA修復 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Aroli, S. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Mutational and structural analyses of UdgX: insights into the active site pocket architecture and its evolution. 著者: Aroli, S. / Woo, E.J. / Gopal, B. / Varshney, U. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iih.cif.gz | 51 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iih.ent.gz | 36.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/8iih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/8iih | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8iieC 8iifC 8iigC 8iiiC 8iijC 8iilC 8iimC 8iinC 8iioC 8iipC 8iiqC 8iirC 8iisC 8iitC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21937.965 Da / 分子数: 1 / 変異: H109C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0265 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0QP43, uracil-DNA glycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 2.0M Ammonium citrate tribasic pH7.0, 0.1M BIS-TRIS propane pH7.0 PH範囲: 6.8-7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→29.06 Å / Num. obs: 10487 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.13→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 899 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.317 / Rrim(I) all: 0.47 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→26.56 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.13→26.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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