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- PDB-8e1h: Asp1 kinase in complex with ADP Mg 5-IP7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8e1h
タイトルAsp1 kinase in complex with ADP Mg 5-IP7
要素Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / inositol heptakisphosphate kinase activity / diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity ...regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / inositol heptakisphosphate kinase activity / diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol phosphate metabolic process / signaling / inositol phosphate biosynthetic process / inositol metabolic process / mitotic spindle assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 細胞骨格 / リン酸化 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatase, VIP1 family / VIP1, N-terminal / Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 N-terminal domain / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-I7P / Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Goldgur, Y. / Shuman, S. / Benjamin, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structures of Fission Yeast Inositol Pyrophosphate Kinase Asp1 in Ligand-Free, Substrate-Bound, and Product-Bound States.
著者: Benjamin, B. / Goldgur, Y. / Jork, N. / Jessen, H.J. / Schwer, B. / Shuman, S.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
B: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9567
ポリマ－76,7162
非ポリマー1,2405
水7,494416
1
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5986
ポリマ－38,3581
非ポリマー1,2405
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3581
ポリマ－38,3581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.600, 87.123, 86.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.730, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase / Cortical actin cytoskeleton protein asp1 / InsP6 and PP-IP5 kinase


分子量: 38357.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: asp1, vip1, SPCC1672.06c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O74429, diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-I7P / (1r,2R,3S,4s,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate / 1D-myo-inositol 5-diphosphate 1,2,3,4,6-pentakisphosphate / D-myo-イノシト-ル1,2,3,4,6-ペンタキスりん酸5-二りん酸


分子量: 740.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H19O27P7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M bis-tris propane (pH 8.1), 0.15 M NaF, and 20% PEG 3,350
Temp details: ambient

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 52215 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 31.12 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 2618 / CC1/2: 0.804 / Rpim(I) all: 0.346 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NZM

4nzm


解像度: 1.9→47.44 Å / SU ML: 0.2444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 2012 3.86 %
Rwork0.1965 50148 -
obs0.198 52160 94.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5198 0 70 416 5684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00775378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06657282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0639784
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076937
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9638730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.32061530.28353293X-RAY DIFFRACTION88.02
1.95-20.2971380.25493686X-RAY DIFFRACTION97.73
2-2.060.27911420.25043710X-RAY DIFFRACTION97.74
2.06-2.120.31731470.24653679X-RAY DIFFRACTION97.13
2.12-2.20.3091480.22813596X-RAY DIFFRACTION95.83
2.2-2.290.27411480.21563675X-RAY DIFFRACTION97.63
2.29-2.390.21431470.21933714X-RAY DIFFRACTION97.25
2.39-2.520.23921370.21613617X-RAY DIFFRACTION96.31
2.52-2.680.24581480.21943642X-RAY DIFFRACTION95.68
2.68-2.880.26481330.21253531X-RAY DIFFRACTION93.33
2.88-3.170.24471400.20553409X-RAY DIFFRACTION89.42
3.17-3.630.21761450.18123411X-RAY DIFFRACTION90.07
3.63-4.580.19121390.15923481X-RAY DIFFRACTION91.34
4.58-47.440.21281470.17493704X-RAY DIFFRACTION95.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06210990596-0.535557519825-0.8616912326361.192315323180.2140402691081.0076520364-0.1019423564330.0198762556428-0.163667672883-0.01809702564660.101082172378-0.2380163072160.2031602406910.0986024442631-4.15471526344E-50.3694252979260.03551599260080.01831556816830.2903162721730.02526987071370.35277032047119.7348590176-26.82197476513.09117408562
20.2126912446630.101205424281-0.1001209261191.07330718660.2090277791761.149045802090.0349712980968-0.0411036925022-0.00530359513041-0.05677436297760.00312679855271-0.0178662492151-0.104611133538-0.01730287150121.55420215433E-50.272322824820.0387434003980.007684031949930.266882133960.01150280873540.2501294107398.26258209377-3.9686622533415.8999234343
30.829360741060.267698919227-0.5776093454331.089809499890.5048064868511.193763652020.008221849105280.0317733300118-0.0168481854165-0.167227445348-0.06530622465590.00307559292040.00721302271239-0.2688736691030.0003294942744560.347383298890.0227015816003-0.01540220671020.3055007609710.02587020922670.2546112726942.5268368577-20.16122311386.53939283482
40.98976571823-0.418649844009-0.09471120783731.509878945470.09523502497240.938468179631-0.04118342900460.171547831430.240252815507-0.1808168107420.0305668658440.0691684574113-0.365056892555-0.03581431526430.0001099114713680.421975511069-0.025072727478-0.01965550853410.2865520285510.009778828182080.33744778517924.9774776367-22.261832944635.8074388914
5-0.127284705291-0.224777530061-0.1603036933170.280666069550.310835132216-0.0145925988486-0.0097353125974-0.055160107215-0.1682162459280.152290919283-0.00309227111577-0.02748339499720.161466459436-0.0677914385519-0.0001136969249450.249191704894-0.0264813700105-0.0221507000290.291558110686-0.004946021513230.28581379303334.6476349496-29.018054883642.8731033406
60.318666376012-0.746645773317-0.4342650266770.2341789004810.2379714133070.755257286134-0.0108152079093-0.16020749488-0.1169212776720.08751734881990.0424729541484-0.0356404253424-0.1713952816740.225174867584-3.23629911292E-50.257052825795-0.03051301917570.006409556916060.284146481004-0.00753520938460.2597884700942.7684209704-45.63508348339.457315398
71.145925243970.3938524962250.007197810405831.0757566338-0.329797081821.27149850691-0.02370609206880.00326973421123-0.046065436855-0.1469614995130.110526011723-0.0307881834703-0.1042778400560.08981843356382.71429350124E-50.2515310677070.00789291255958-0.01864144866350.24178247162-0.025910824160.23143300315147.7758444992-48.873240102221.5791878527
80.395583941449-0.420998997654-0.1392831093961.07525794235-0.148332351640.338855208583-0.1451067756720.126807794159-0.161735078498-0.1883754258330.01161659810330.0693907885650.0867908732239-0.0450527569445-1.2207392878E-50.227524394689-0.0274330730937-0.01078211915080.289545552668-0.04139780286820.23524743339440.1719568633-48.810663625720.270500105
90.6327713673740.05813760786840.1897231751750.2819111468550.1059386599960.1080139380150.2300057774610.1808799058250.16035375315-0.2046127150760.0720259615226-0.214556677848-0.188124098646-0.222557042994-0.0002585083808940.3737587763740.0139343057534-0.003590896843940.378953422531-0.01756566311190.35841469359219.0929084887-46.504533486325.74456331
101.397237204680.126312127248-0.1859668981270.9586113589710.2232814793420.525205778771-0.05267533315780.00492709537242-0.05954145516490.100444875297-0.009788234091070.09437120592080.04991056411-0.02120445814635.3401723959E-50.231514334798-0.0223493942442-0.006153836669930.271802445377-0.01284003315540.27821641100622.9964845326-42.046589341634.341546649
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 31 through 122 )AA31 - 1221 - 92
22chain 'A' and (resid 123 through 299 )AA123 - 29993 - 269
33chain 'A' and (resid 300 through 362 )AA300 - 362270 - 332
44chain 'B' and (resid 33 through 95 )BB33 - 951 - 63
55chain 'B' and (resid 96 through 122 )BB96 - 12264 - 90
66chain 'B' and (resid 123 through 163 )BB123 - 16391 - 131
77chain 'B' and (resid 164 through 230 )BB164 - 230132 - 198
88chain 'B' and (resid 231 through 264 )BB231 - 264199 - 232
99chain 'B' and (resid 265 through 299 )BB265 - 299233 - 252
1010chain 'B' and (resid 300 through 362 )BB300 - 362253 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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