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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8e1s | ||||||
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Title | Asp1 kinase in complex with ADPNP Mn IP6 | ||||||
![]() | Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Inositol pyrophosphosphate IPP kinase Fission yeast | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity ...regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-1,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 1-diphosphatase activity / regulation of mitotic spindle elongation (spindle phase three) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / inositol-1,3,4,5,6-pentakisphosphate kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate catabolic process / inositol phosphate metabolic process / signaling / inositol phosphate biosynthetic process / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol metabolic process / mitotic spindle assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cytoskeleton / phosphorylation / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Goldgur, Y. / Shuman, S. / Benjamin, B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structures of Fission Yeast Inositol Pyrophosphate Kinase Asp1 in Ligand-Free, Substrate-Bound, and Product-Bound States. Authors: Benjamin, B. / Goldgur, Y. / Jork, N. / Jessen, H.J. / Schwer, B. / Shuman, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 230.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 32.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8e1hSC ![]() 8e1iC ![]() 8e1jC ![]() 8e1tC ![]() 8e1vC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 38357.867 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: asp1, vip1, SPCC1672.06c / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: O74429, diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase #2: Chemical | ChemComp-ANP / | #3: Chemical | ChemComp-IHP / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M bis-tris (pH 5.9), 0.025 M NH4OAc, and 17% PEG 10,000 Temp details: ambient |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 26, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.71→50 Å / Num. obs: 75427 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 2.181 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 313795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 8E1H Resolution: 1.72→47.9 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.61 Å2 / Biso mean: 27.427 Å2 / Biso min: 12.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.72→47.9 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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