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- PDB-8dkr: Pseudomonas-phage E217 TerL nuclease domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dkr
タイトルPseudomonas-phage E217 TerL nuclease domain
要素Large terminase protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / viral genome packaging motor / large terminase / TerL / Pseudomonas phage E217 / nuclease (ヌクレアーゼ)
機能・相同性Phage terminase large subunit, N-terminal / Phage terminase large subunit / Bacteriophage terminase, large subunit / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Large terminase protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Cingolani, G. / Lokareddy, R. / Hou, D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM100888 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM140733 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD017987 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD023479 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Terminase Subunits from the Pseudomonas-Phage E217.
著者: Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Steven G Doll / Fenglin Li / Richard E Gillilan / Francesca Forti / David S Horner / Federica Briani / Gino Cingolani /
要旨: Pseudomonas phages are increasingly important biomedicines for phage therapy, but little is known about how these viruses package DNA. This paper explores the terminase subunits from the Myoviridae ...Pseudomonas phages are increasingly important biomedicines for phage therapy, but little is known about how these viruses package DNA. This paper explores the terminase subunits from the Myoviridae E217, a Pseudomonas-phage used in an experimental cocktail to eradicate P. aeruginosa in vitro and in animal models. We identified the large (TerL) and small (TerS) terminase subunits in two genes ∼58 kbs away from each other in the E217 genome. TerL presents a classical two-domain architecture, consisting of an N-terminal ATPase and C-terminal nuclease domain arranged into a bean-shaped tertiary structure. A 2.05 Å crystal structure of the C-terminal domain revealed an RNase H-like fold with two magnesium ions in the nuclease active site. Mutations in TerL residues involved in magnesium coordination had a dominant-negative effect on phage growth. However, the two ions identified in the active site were too far from each other to promote two-metal-ion catalysis, suggesting a conformational change is required for nuclease activity. We also determined a 3.38 Å cryo-EM reconstruction of E217 TerS that revealed a ring-like decamer, departing from the most common nonameric quaternary structure observed thus far. E217 TerS contains both N-terminal helix-turn-helix motifs enriched in basic residues and a central channel lined with basic residues large enough to accommodate double-stranded DNA. Overexpression of TerS caused a more than a 4-fold reduction of E217 burst size, suggesting a catalytic amount of the protein is required for packaging. Together, these data expand the molecular repertoire of viral terminase subunits to Pseudomonas-phages used for phage therapy.
履歴
登録2022年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Large terminase protein
A: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0485
ポリマ－56,9752
非ポリマー733
水3,675204
1
B: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5122
ポリマ－28,4871
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5363
ポリマ－28,4871
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.601, 62.628, 149.253
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and resid 214 through 451)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 214 - 451 / Label seq-ID: 9 - 246

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAB
2(chain B and resid 214 through 451)BA

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要素

#1: タンパク質 Large terminase protein


分子量: 28487.459 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal nuclease domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ)
遺伝子: vBPaeME217_00005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2K8HL37, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.7 M sodium citrate tribasic dihydrate, 10 mM 2-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→15 Å / Num. obs: 31650 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 30.97 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.036 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 2226 / CC1/2: 0.836 / Rpim(I) all: 0.332 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5C12

5c12


解像度: 2.05→14.93 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 2751 5.09 %
Rwork0.2172 51328 -
obs0.2185 31191 80.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.96 Å2 / Biso mean: 41.5482 Å2 / Biso min: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→14.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 3 204 4017
Biso mean--26.37 43.24 -
残基数----486
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2275X-RAY DIFFRACTION7.495TORSIONAL
12B2275X-RAY DIFFRACTION7.495TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.090.3796790.3718140444
2.09-2.120.4043840.3448153248
2.12-2.160.3953830.3153174253
2.16-2.210.29381040.2887179456
2.21-2.260.30541230.2851191260
2.26-2.310.27251200.2694204164
2.31-2.370.28981060.2761222869
2.37-2.430.27661200.2716231272
2.43-2.50.29621480.2652233873
2.5-2.580.24161430.2308267484
2.58-2.670.27051540.2538288091
2.67-2.780.29841630.2555313797
2.78-2.90.27911600.2253313598
2.9-3.060.33421620.2294317699
3.06-3.250.27561820.2171316999
3.25-3.490.21691540.2001318798
3.49-3.840.2041630.1943313098
3.84-4.380.17861710.1691317599
4.38-5.480.18491660.1767318499
5.48-14.90.24781660.2106317899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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