+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dkw | ||||||
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Title | Structure of P22 Large terminase nuclease domain | ||||||
Components | Large terminase protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / DNA-packaging / Large terminase / Small terminase / nuclease fold / endonuclease / DNA / DNA-packaging motor | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral terminase complex / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / chromosome organization / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on acid anhydrides to facilitate cellular and subcellular movement / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage P22 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | ||||||
Authors | Roy, A. / Cingolani, G. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Structure of p22 headful packaging nuclease. Authors: Roy, A. / Cingolani, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dkw.cif.gz | 357.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dkw.ent.gz | 292.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dkw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2wbnS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 289 - 482 / Label seq-ID: 1 - 194
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Details | The asymmetric unit contains four identical copies of P22 Large terminase nuclease domain, which is monomeric in solution |
-Components
#1: Protein | Mass: 24613.914 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: nuclease domain (UNP Residues 289-499) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage P22 (virus) / Gene: 2, gene 2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: P26745 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.2 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.2 M magnesium sulfate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X6A / Wavelength: 0.972 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Sep 1, 2011 |
Radiation | Monochromator: diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.972 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.493 |
Reflection | Resolution: 2.02→15 Å / Num. obs: 60520 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 18.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.09 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3673 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 54.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2WBN Resolution: 2.02→14.968 Å / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.45 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.4 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→14.968 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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