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- PDB-4dkw: Structure of P22 Large terminase nuclease domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dkw
タイトルStructure of P22 Large terminase nuclease domain
要素Large terminase protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / DNA-packaging / Large terminase / Small terminase / nuclease fold / endonuclease (エンドヌクレアーゼ) / DNA (デオキシリボ核酸) / DNA-packaging motor
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase complex / viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #280 / Terminase, large subunit BPP22-like / Terminase, large subunit gp17-like, C-terminal / Terminase RNaseH-like domain / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Roy, A. / Cingolani, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of p22 headful packaging nuclease.
著者: Roy, A. / Cingolani, G.
履歴
登録2012年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22012年8月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Large terminase protein
B: Large terminase protein
C: Large terminase protein
D: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,03416
ポリマ－98,4564
非ポリマー57912
水20,0331112
1
A: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7594
ポリマ－24,6141
非ポリマー1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7594
ポリマ－24,6141
非ポリマー1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7594
ポリマ－24,6141
非ポリマー1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Large terminase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7594
ポリマ－24,6141
非ポリマー1453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.921, 139.795, 61.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 289 - 482 / Label seq-ID: 1 - 194

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain 'A' and (resseq 289:482 )AA
2chain 'B' and (resseq 289:482 )BB
3chain 'C' and (resseq 289:482 )CC
4chain 'D' and (resseq 289:482 )DD
詳細The asymmetric unit contains four identical copies of P22 Large terminase nuclease domain, which is monomeric in solution

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要素

#1: タンパク質
Large terminase protein / DNA-packaging protein gp2 / Terminase large subunit


分子量: 24613.914 Da / 分子数: 4 / 断片: nuclease domain (UNP Residues 289-499) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
遺伝子: 2, gene 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26745
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M magnesium sulfate, 20% w/v PEG 3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月1日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.493
反射解像度: 2.02→15 Å / Num. obs: 60520 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3673 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 54.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WBN

2wbn


解像度: 2.02→14.968 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2250 3.72 %thin shells resolution
Rwork0.1656 ---
obs0.1672 60494 81.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.4 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9997 Å2-0 Å20.1305 Å2
2---1.9809 Å20 Å2
3---6.9805 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→14.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6376 0 28 1112 7516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0978892
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6752388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041168
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1593X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
12B1593X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
13C1593X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
14D1593X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.08
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.06980.37921230.31812594X-RAY DIFFRACTION42
2.0698-2.10650.30361330.30562892X-RAY DIFFRACTION45
2.1065-2.14580.30541220.28923167X-RAY DIFFRACTION52
2.1458-2.18830.30461410.28883622X-RAY DIFFRACTION57
2.1883-2.23440.31451590.27894191X-RAY DIFFRACTION67
2.2344-2.28460.27061720.25084861X-RAY DIFFRACTION77
2.2846-2.33970.29581980.24435434X-RAY DIFFRACTION86
2.3397-2.40050.23991930.22865407X-RAY DIFFRACTION87
2.4005-2.46810.31051900.22755497X-RAY DIFFRACTION88
2.4681-2.54410.22431830.21355604X-RAY DIFFRACTION88
2.5441-2.63040.18411920.19725569X-RAY DIFFRACTION89
2.6304-2.72970.22581950.19155542X-RAY DIFFRACTION89
2.7297-2.8460.22411960.17935579X-RAY DIFFRACTION90
2.846-2.9850.17531460.16725697X-RAY DIFFRACTION91
2.985-3.15590.17631630.15335778X-RAY DIFFRACTION92
3.1559-3.37420.19441550.13595805X-RAY DIFFRACTION92
3.3742-3.66890.18531210.12215792X-RAY DIFFRACTION93
3.6689-4.10410.14582400.10765851X-RAY DIFFRACTION92
4.1041-4.86520.12312030.10145852X-RAY DIFFRACTION94
4.8652-7.01170.16223380.14695753X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9207-0.23330.51750.53770.04982.7927-0.2951-0.05040.26150.3196-0.1693-0.0385-0.37130.07660.05740.52760.0188-0.16620.2289-0.00680.2145-47.035139.6704-39.9787
21.9107-0.6276-0.41281.60080.40920.98620.0409-0.0373-0.26890.05140.06860.37680.3868-0.3322-0.0280.2801-0.1026-0.04030.30250.07460.1551-60.12626.2318-40.845
30.20.05270.02890.4796-0.53871.2468-0.0386-0.06170.08760.20630.11380.214-0.0932-0.069-0.03920.42510.02510.01020.20740.039-0.1212-49.710130.629-34.0819
42.15691.3675-0.96181.56420.00143.079-0.03060.29220.0314-0.3616-0.18260.34750.2127-0.79320.07120.50160.0055-0.11420.3402-0.09190.2339-51.031323.168-53.2382
50.4787-0.0762-0.2971.60860.151.13680.1933-0.16270.0884-0.2232-0.2624-0.163-0.1701-0.0174-0.07070.23510.02880.04950.1740.01110.0882-66.216274.6288-41.5917
60.86760.17070.29660.92530.4311.86290.0174-0.5297-0.33830.5937-0.1321-0.06580.19180.12840.01050.4156-0.0427-0.05820.43870.20950.0782-65.654860.9384-28.7567
71.3567-0.06970.19040.94820.60781.0959-0.04240.0008-0.23770.08270.1383-0.12570.0120.1186-0.09930.199-0.0083-0.02270.14350.00750.1491-59.976665.6124-39.6852
83.4451-0.71251.10412.0798-1.02082.5865-0.1107-0.8159-0.06940.5185-0.11180.4740.1786-0.45010.12540.385-0.07120.16920.2768-0.02450.4034-78.837657.894-36.6829
91.2996-0.54760.24011.01960.10922.16820.09930.241-0.3390.06950.06640.10440.09120.0552-0.10260.30270.0051-0.02960.1328-0.0620.2384-40.964111.704-8.9724
103.172-0.28071.2411.94170.15261.77020.0258-0.05170.34120.1135-0.1478-0.6957-0.51110.4996-0.14850.3816-0.12290.02050.3051-0.04240.1183-27.957225.1365-7.2654
110.8045-0.23040.2380.32050.60671.74970.03320.1211-0.06370.18930.0163-0.12330.0660.225-0.01210.3105-0.0120.01370.1658-0.00790.0723-39.435820.6845-2.5797
121.8570.2178-0.36761.50550.3965.38450.03250.11460.1222-0.25910.05-0.1526-0.5570.72680.06390.33220.01-0.03580.39610.02610.0444-34.622728.3295-21.0934
132.20630.1129-0.11971.07960.26520.8563-0.1663-0.104-0.31860.07390.2687-0.39760.18690.29480.10340.2640.01150.15070.1992-0.05010.2662-35.456646.622-50.6983
141.32680.1345-0.17981.29850.02762.032-0.01980.48560.2064-0.46620.0032-0.2265-0.08260.17620.00110.2386-0.03380.06790.27470.08560.1793-35.284260.1251-63.751
152.2609-0.002-0.33310.55510.08211.1484-0.1535-0.03570.0262-0.02710.2021-0.0930.09530.0176-0.01140.22510.00990.02380.1878-0.01610.2019-29.403155.7074-52.8234
164.1572-0.0408-1.54633.247-1.38732.9707-0.01370.31460.2232-0.26040.07750.1472-0.3232-0.4932-0.05640.23620.03070.03520.22570.00140.1644-48.425963.0758-55.7217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 289:314)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 315:395)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 396:469)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 470:482)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 289:314)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 315:395)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 396:469)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 470:482)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resseq 289:314)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resseq 315:395)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resseq 396:469)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resseq 470:482)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resseq 289:314)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resseq 315:395)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resseq 396:469)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resseq 470:482)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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