+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ain | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MCUGI SAUNG complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Ugi / Ung / complex / inhibitor (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Macrococcus caseolyticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Muselmani, W. / Savva, R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2023 タイトル: A Multimodal Approach towards Genomic Identification of Protein Inhibitors of Uracil-DNA Glycosylase. 著者: Muselmani, W. / Kashif-Khan, N. / Bagneris, C. / Santangelo, R. / Williams, M.A. / Savva, R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ain.cif.gz | 141 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8ain.ent.gz | 107.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ain.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ain ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ain | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 8ailC 8aimC 3wdgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26071.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ung, A6762_02745, C7P97_05245, CSC87_03540, CV021_15850, E3A28_05745, E3K14_03025, GO782_00930, GO788_12235, NCTC6133_00684, NCTC7878_01215, NCTC7972_01353, QU38_09915, SAMEA70245418_01578 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F0HLK2, uracil-DNA glycosylase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 14146.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Macrococcus caseolyticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 M ammonium sulphate, 0.2 M sodium chloride, 9.55%(w/v) PEG 20.000, 0.1 M MES, at pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289.15 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9198 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9198 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→45.8 Å / Num. obs: 11391 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 2.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 1470 / CC1/2: 0.55 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WDG 解像度: 2.7→45.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 16.126 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.357 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.431 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|