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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8abr | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of CYP109A2 from Bacillus megaterium bound with putative ligands hexanoic acid and octanoic acid | |||||||||
要素 | Cytochrome P450シトクロムP450 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Cytochrome P450 monooxygenase (シトクロムP450) / Complex / Fatty acid (脂肪酸) / Steroid hydroxylation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Jozwik, I.K. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.-M.W.H. | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2023 タイトル: Regio- and stereoselective steroid hydroxylation by CYP109A2 from Bacillus megaterium explored by X-ray crystallography and computational modeling. 著者: Jozwik, I.K. / Bombino, E. / Abdulmughni, A. / Hartz, P. / Rozeboom, H.J. / Wijma, H.J. / Kappl, R. / Janssen, D.B. / Bernhardt, R. / Thunnissen, A.W.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8abr.cif.gz | 251 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8abr.ent.gz | 204.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8abr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8abr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8absC 5ofqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46986.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Priestia megaterium DSM 319 (バクテリア) 株: DSM 319 / 遺伝子: BMD_2035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D5DF88, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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-非ポリマー , 5種, 105分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEB / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-6NA / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-OCA / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.4-0.55 M ammonium sulfate, 1.05-1.2 M lithium sulfate and 0.1 M sodium citrate buffer, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→94.01 Å / Num. obs: 35461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 27.6 / Num. measured all: 922831 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OFQ 解像度: 2.1→41.6 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.3 Å2 / Biso mean: 71.9354 Å2 / Biso min: 44.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→41.6 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.1242 Å / Origin y: -8.9434 Å / Origin z: 17.0145 Å
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精密化 TLSグループ |
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