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- PDB-7yz9: Structure of catalytic domain of Rv1625c bound to nanobody NB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yz9
タイトルStructure of catalytic domain of Rv1625c bound to nanobody NB4
要素
  • Adenylate cyclaseアデニル酸シクラーゼ
  • nanobody NB4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Membrane Adenylyl Cyclase / Nanobody (ナノボディ) / Complex / Mycobacterium Tuberculosis (結核菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / アデニル酸シクラーゼ / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / magnesium ion binding ...receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / アデニル酸シクラーゼ / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / MASE7 / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-ONM / アデニル酸シクラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Khanppnavar, B. / Mehta, V.J. / Iype, T. / Korkhov, V.M.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation150665 スイス
Swiss National Science Foundation176992 スイス
Swiss National Science Foundation184951 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structure of Cya, an evolutionary ancestor of the mammalian membrane adenylyl cyclases.
著者: Ved Mehta / Basavraj Khanppnavar / Dina Schuster / Ilayda Kantarci / Irene Vercellino / Angela Kosturanova / Tarun Iype / Sasa Stefanic / Paola Picotti / Volodymyr M Korkhov /
要旨: adenylyl cyclase (AC) Rv1625c/Cya is an evolutionary ancestor of the mammalian membrane ACs and a model system for studies of their structure and function. Although the vital role of ACs in cellular ... adenylyl cyclase (AC) Rv1625c/Cya is an evolutionary ancestor of the mammalian membrane ACs and a model system for studies of their structure and function. Although the vital role of ACs in cellular signalling is well established, the function of their transmembrane (TM) regions remains unknown. Here, we describe the cryo-EM structure of Cya bound to a stabilizing nanobody at 3.6 Å resolution. The TM helices 1-5 form a structurally conserved domain that facilitates the assembly of the helical and catalytic domains. The TM region contains discrete pockets accessible from the extracellular and cytosolic side of the membrane. Neutralization of the negatively charged extracellular pocket Ex1 destabilizes the cytosolic helical domain and reduces the catalytic activity of the enzyme. The TM domain acts as a functional component of Cya, guiding the assembly of the catalytic domain and providing the means for direct regulation of catalytic activity in response to extracellular ligands.
履歴
登録2022年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase
B: nanobody NB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9798
ポリマ－41,9742
非ポリマー1,0056
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.793, 94.793, 119.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-421-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylate cyclase / アデニル酸シクラーゼ / ATP pyrophosphate-lyase / Adenylyl cyclase


分子量: 28202.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cya, Rv1625c, MTCY01B2.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQ35, アデニル酸シクラーゼ
#2: 抗体 nanobody NB4


分子量: 13771.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 161分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ONM / 3'-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-O-(N-メチルアントラニロイル)GTP


分子量: 656.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N6O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Na-acetate pH 5.5, 0.02 M CaCl2, 30% MPD / PH範囲: 5.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999879 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→47.4 Å / Num. obs: 774280 / % possible obs: 93.96 % / 冗長度: 35.9 % / Biso Wilson estimate: 44.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.973→2.044 Å / 冗長度: 22.8 % / Rmerge(I) obs: 1.587 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1492 / CC1/2: 0.685 / % possible all: 66.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
iMOSFLMデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P2F

4p2f


解像度: 1.97→44.07 Å / SU ML: 0.272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.6644
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 1978 4.96 %
Rwork0.2056 37862 -
obs0.2076 39840 94.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→44.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2266 0 57 155 2478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16353312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.9456871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.020.3506950.31911866X-RAY DIFFRACTION65.28
2.02-2.080.3261120.28572147X-RAY DIFFRACTION74.48
2.08-2.140.37731250.28132402X-RAY DIFFRACTION83.62
2.14-2.210.26351450.26552745X-RAY DIFFRACTION95.1
2.21-2.290.30651500.2632819X-RAY DIFFRACTION99.4
2.29-2.380.3141510.2612882X-RAY DIFFRACTION99.97
2.38-2.490.30681530.24472872X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.620.25931510.24882864X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.780.26081470.2372902X-RAY DIFFRACTION100
2.78-30.30141520.23322865X-RAY DIFFRACTION100
3-3.30.23251570.20572861X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.770.2021470.18162871X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.750.18631470.16162885X-RAY DIFFRACTION99.9
4.75-44.070.261460.19442881X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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