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- PDB-7x4x: BTB domain of KEAP1 in complex with MEF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x4x
タイトルBTB domain of KEAP1 in complex with MEF
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / KEAP1 / MEF
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller ...Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ethoxy-4-oxobutanoic acid / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Qu, L.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Characterization of the modification of Kelch-like ECH-associated protein 1 by different fumarates.
著者: Qu, L. / Guo, M. / Zhang, H. / Chen, X. / Wei, H. / Jiang, L. / Li, J. / Chen, Z. / Dai, S. / Chen, Y.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Kelch-like ECH-associated protein 1
D: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
F: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,93612
ポリマ－93,0596
非ポリマー8776
水0
1
E: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3124
ポリマ－31,0202
非ポリマー2922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
2
D: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3124
ポリマ－31,0202
非ポリマー2922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12800 Å2
手法PISA
3
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子

F: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3124
ポリマ－31,0202
非ポリマー2922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_444-x-1/2,-y-1,z-1/21
Buried area3800 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.322, 99.289, 143.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 15509.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物
ChemComp-9J3 / 4-ethoxy-4-oxobutanoic acid / こはく酸モノエチル


分子量: 146.141 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M lithium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.58 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.58 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→19.39 Å / Num. obs: 25315 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 2191 / CC1/2: 0.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CXI

4cxi


解像度: 2.96→19.39 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 1990 7.86 %
Rwork0.2031 23314 -
obs0.2076 25304 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.85 Å2 / Biso mean: 62.5059 Å2 / Biso min: 16.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→19.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5849 0 60 0 5909
Biso mean--92.61 --
残基数----773
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.96-3.030.34821140.30611331144579
3.03-3.110.36131410.290416571798100
3.11-3.20.32621410.26216531794100
3.2-3.310.31271420.255616671809100
3.31-3.430.31781440.254616801824100
3.43-3.560.28621420.227716571799100
3.56-3.720.27321440.214316901834100
3.72-3.920.28351420.216216691811100
3.92-4.160.22941450.193416921837100
4.16-4.480.28511440.167616941838100
4.48-4.920.22691450.164216831828100
4.92-5.620.25091460.199117201866100
5.62-7.020.25891470.226117291876100
7.02-19.390.1951530.15821792194599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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