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- PDB-7x4q: LpCdnE UTP Mg complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x4q
タイトルLpCdnE UTP Mg complex
要素Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide / substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase CdnE
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chen, Y. / Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Hou, M.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases.
著者: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y.
履歴
登録2022年3月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
B: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,95610
ポリマ－69,9222
非ポリマー2,0348
水10,647591
1
A: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9785
ポリマ－34,9611
非ポリマー1,0174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
2
B: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9785
ポリマ－34,9611
非ポリマー1,0174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.584, 74.719, 80.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.227, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEASNASN(chain 'A' and (resid 3 through 116 or resid 118...AA3 - 873 - 87
12SERSERPHEPHE(chain 'A' and (resid 3 through 116 or resid 118...AA97 - 11597 - 115
13LEULEUTHRTHR(chain 'A' and (resid 3 through 116 or resid 118...AA118 - 161118 - 161
14ILEILEHISHIS(chain 'A' and (resid 3 through 116 or resid 118...AA163 - 300163 - 300
15UTPUTPUTPUTP(chain 'A' and (resid 3 through 116 or resid 118...AC401
26ILEILEASNASN(chain 'B' and (resid 3 through 87 or resid 91...BB3 - 873 - 87
27SERSERPHEPHE(chain 'B' and (resid 3 through 87 or resid 91...BB97 - 11597 - 115
28LEULEUTHRTHR(chain 'B' and (resid 3 through 87 or resid 91...BB118 - 161118 - 161
29ILEILEHISHIS(chain 'B' and (resid 3 through 87 or resid 91...BB163 - 300163 - 300
210UTPUTPUTPUTP(chain 'B' and (resid 3 through 87 or resid 91...BG401

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要素

#1: タンパク質 Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase / Cyclic CMP-UMP synthase / c-di-UMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase057


分子量: 34961.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: cdnE02
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0DSP3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / ウリジン三リン酸


分子量: 484.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: UTP, MgCl2, PEG 4000, ammonium acetate, sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 56124 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5577 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.306 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7X4F

7x4f


解像度: 1.95→27.23 Å / SU ML: 0.1775 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.6689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1868 2700 5.1 %
Rwork0.1614 50248 -
obs0.1627 52948 94.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 0 591 5451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00724983
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88066775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.75461801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.980.25971090.21261878X-RAY DIFFRACTION67.7
1.98-2.020.22111200.19832057X-RAY DIFFRACTION73.67
2.02-2.060.21921140.19832239X-RAY DIFFRACTION79.82
2.06-2.110.25531280.2022374X-RAY DIFFRACTION85.48
2.11-2.160.2621320.18992534X-RAY DIFFRACTION91.46
2.16-2.210.21621600.18082684X-RAY DIFFRACTION96.15
2.21-2.270.23031250.18272768X-RAY DIFFRACTION98.37
2.27-2.340.19151600.17262785X-RAY DIFFRACTION99.59
2.34-2.410.19051590.1642757X-RAY DIFFRACTION99.93
2.41-2.50.22021450.1632804X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.60.18381430.17182806X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.720.20221600.16032767X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.860.18391420.16282831X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.040.18521460.15692801X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.280.17621650.1572801X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.60.16681560.15022800X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.120.17361410.14032845X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-5.190.13671570.13082811X-RAY DIFFRACTION100
5.19-27.230.17961380.16812906X-RAY DIFFRACTION99.71
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0253727732482-0.0103606345405-0.0153923940670.00419146354390.006208310751310.01194419176180.001469512025-0.01050220752720.03768325651550.0170922641466-0.0170822045596-0.00757879126422-0.0424923839205-0.0227834859780.002238303559950.271199114426-0.0292267531683-0.05769420428410.205781904959-0.1195798357120.29851361715818.949946394617.078074483715.3138319242
20.00400448028357-0.003585930685930.001498752267770.00381278717003-0.0006317074284130.0003297252166640.00950817993753-0.087068160245-0.01571307342020.006417555717420.02728672664610.05174321696860.01861562805960.02570638469819.73290473941E-60.1087915017820.04557247394170.02157882474260.271357672423-0.02193726297650.21451309029-2.971972798521.109808355685.19013459034
30.09238475294630.0118864552602-0.02834851770310.05432756558990.02684625033670.0494253533732-0.00728314594304-0.0831366474818-0.01474920134620.01042329697410.02011565281170.1259628976970.01332419471940.01005754044140.05536131440930.07109856219340.018378178469-0.03755049242030.0822013398878-0.005741572804330.1395109141054.21372005881-4.044981991570.282128180372
40.01236971210030.0173443178542-0.008688519450180.0232185038119-0.01847284207510.0239799594764-0.03343204563610.0782672921679-0.0316972235479-0.09538762424270.05382628434880.01244449988380.0595883937576-0.00809322531814-0.008335036478590.1724710140320.0354336185342-0.05176951654360.122204407705-0.03033060510.1526270023323.96208459171-10.6956887059-10.3761028837
50.03972539684310.0476790717940.01273654567370.05242796071620.02109152471590.08404287900570.02180387191030.0006769061619180.00482483667025-0.0208499874722-0.07803741912790.04316627710070.0405163882791-0.048723904786-0.07322672565540.03856416495730.0882506401928-0.05547153907680.06707143881590.01811172274760.06179530614598.01517045416-6.53007889645-4.90389366848
60.01287099517520.01010611387340.0130548710560.0236865917050.0259008989310.02905119017070.0189991851247-0.08887212188690.1250987444010.0769471243024-0.0862882092313-0.040471310902-0.034655574731-0.0376342226642-0.0247840889790.0524801694945-0.116552940436-0.0742539050740.0484826829431-0.006724364162950.11126931718524.21501941765.817993198719.68765459136
70.005918054886148.51824043593E-5-0.001728189798030.002819513689070.002213318759760.00320019341480.02680371112990.0520802184765-0.0232834060603-0.01546279960750.0216802327721-0.0719686772107-0.0063705583204-9.2810387919E-50.006412891688680.0916748244508-0.0220892508878-0.002466932775960.1045609065490.01780573200770.10357528516727.0703127127-3.90350028116-1.20651241012
80.003222108635830.00248385061747-0.00620501224590.00361397366504-0.003406765513410.0106244008725-0.0389347873602-0.06485544516910.0733269593004-0.002275658558780.0137380250189-0.0448219907991-0.07238861164360.02852204872820.0004541224339450.160865521802-0.0726786130601-0.02886305122560.1366506316490.01307168239840.24549434609534.726456523916.35760837153.07953471272
90.07471932296940.006685059728170.0300410508930.02618833829640.0004385550996450.0156657820001-0.08426262875710.132056687870.0546000251125-0.07795469191560.07801564199260.101413130197-0.07978488413740.0192054587425-0.005067579296560.111123578189-0.0212183473766-0.01822663725040.1573411265290.03892476804570.1234608850783.89487266344-14.589547139315.2077437904
100.1582551811450.0604573118461-0.06325833007320.0477210200099-0.08988882257420.20662313367-0.128046306060.0678032131804-0.107172474604-0.0574659120867-0.0310980172965-0.1027622535480.1011243296590.032535047972-0.1929999426490.11031706125-0.03806030245080.05970760069950.06775401145520.009617112254030.11752253515914.2429554755-27.836283266519.4916551953
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 36 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 79 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 116 through 174 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 175 through 254 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 255 through 277 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 278 through 300 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 36 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 37 through 79 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 80 through 115 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 116 through 149 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 150 through 174 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 175 through 254 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 255 through 277 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 278 through 300 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る