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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wfw | ||||||
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タイトル | Apo human Nav1.8 | ||||||
要素 | Sodium channel protein type 10 subunit alphaナトリウムチャネル | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Voltage-gated sodium channel (ナトリウムチャネル) / Nav / activation (活性化) / selectivity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / membrane depolarization during action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / 知覚 / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / high voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated sodium channel activity ...bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / membrane depolarization during action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / 知覚 / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / high voltage-gated calcium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated calcium channel complex / Phase 0 - rapid depolarisation / odontogenesis of dentin-containing tooth / calcium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / 神経繊維 / glutamatergic synapse / extracellular exosome / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yan, N. / Pan, X.J. / Huang, X.S. / Huang, G.X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural basis for high-voltage activation and subtype-specific inhibition of human Na1.8. 著者: Xiaoshuang Huang / Xueqin Jin / Gaoxingyu Huang / Jian Huang / Tong Wu / Zhangqiang Li / Jiaofeng Chen / Fang Kong / Xiaojing Pan / Nieng Yan / 要旨: The dorsal root ganglia-localized voltage-gated sodium (Na) channel Na1.8 represents a promising target for developing next-generation analgesics. A prominent characteristic of Na1.8 is the ...The dorsal root ganglia-localized voltage-gated sodium (Na) channel Na1.8 represents a promising target for developing next-generation analgesics. A prominent characteristic of Na1.8 is the requirement of more depolarized membrane potential for activation. Here we present the cryogenic electron microscopy structures of human Na1.8 alone and bound to a selective pore blocker, A-803467, at overall resolutions of 2.7 to 3.2 Å. The first voltage-sensing domain (VSD) displays three different conformations. Structure-guided mutagenesis identified the extracellular interface between VSD and the pore domain (PD) to be a determinant for the high-voltage dependence of activation. A-803467 was clearly resolved in the central cavity of the PD, clenching S6. Our structure-guided functional characterizations show that two nonligand binding residues, Thr397 on S6 and Gly1406 on S6, allosterically modulate the channel's sensitivity to A-803467. Comparison of available structures of human Na channels suggests the extracellular loop region to be a potential site for developing subtype-specific pore-blocking biologics. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wfw.cif.gz | 215.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wfw.ent.gz | 164.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wfw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/7wfw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 220903.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN10A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5Y9 |
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-糖 , 2種, 5分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 4種, 17分子
#4: 化合物 | ChemComp-CLR / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-LPE / #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: sodium channel IIナトリウムチャネル / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3855: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 410478 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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