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万見
- PDB-7vt5: Crystal structure of CBM deleted MtGlu5 from Meiothermus taiwanen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vt5
タイトルCrystal structure of CBM deleted MtGlu5 from Meiothermus taiwanensis WR-220
要素Endoglucanase H
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / cellulase (セルラーゼ) / GH5 / Meiothermus taiwanensis WR-220 / endo-beta-1 / 4-glucanase
機能・相同性
機能・相同性情報


セルラーゼ / cellulase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
メチオニン / トリプトファン / Endoglucanase H
類似検索 - 構成要素
生物種Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Ye, T.J. / Ko, P.T. / Huang, K.F. / Wu, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Synergic action of an inserted carbohydrate-binding module in a glycoside hydrolase family 5 endoglucanase.
著者: Ye, T.J. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Wu, S.H.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5223
ポリマ－39,1691
非ポリマー3532
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.549, 75.348, 82.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase H


分子量: 39168.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CBM deleted MtGlu5
由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A399DY85, セルラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 20mM Tris, 100mM NaCl, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→50 Å / Num. obs: 51808 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.034 / Χ2: 1.435 / Net I/σ(I): 26.14
反射 シェル解像度: 1.46→1.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.503 / Num. unique obs: 4780 / CC1/2: 0.856 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.6 / Χ2: 1.156

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3mmu

3mmu


解像度: 1.46→24.22 Å / SU ML: 0.1268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6343
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1743 2615 5.05 %
Rwork0.148 49118 -
obs0.1494 51733 95.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→24.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2560 0 24 494 3078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01132709
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14543694
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0978369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.747986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.490.28611080.25342103X-RAY DIFFRACTION78.68
1.49-1.510.27651330.23972464X-RAY DIFFRACTION92.32
1.51-1.550.22941360.22432544X-RAY DIFFRACTION94.5
1.55-1.580.26251100.20832566X-RAY DIFFRACTION95.91
1.58-1.620.26041390.20062586X-RAY DIFFRACTION96.26
1.62-1.660.26391360.18952562X-RAY DIFFRACTION95.5
1.66-1.70.19441270.18322518X-RAY DIFFRACTION93.99
1.7-1.750.19851300.17052504X-RAY DIFFRACTION93.07
1.75-1.810.16911360.16342488X-RAY DIFFRACTION93.12
1.81-1.870.20671260.1532498X-RAY DIFFRACTION92.66
1.87-1.950.16681300.14742524X-RAY DIFFRACTION94.11
1.95-2.040.16571240.14072620X-RAY DIFFRACTION95.91
2.04-2.140.16521610.14062633X-RAY DIFFRACTION98.1
2.14-2.280.15431530.13682685X-RAY DIFFRACTION99.72
2.28-2.450.15951390.14312726X-RAY DIFFRACTION99.83
2.45-2.70.17261500.13952708X-RAY DIFFRACTION99.62
2.7-3.090.16091500.13452755X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.890.15071700.11942747X-RAY DIFFRACTION100
3.89-24.220.16031570.13642887X-RAY DIFFRACTION99.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4325145068470.4580494685160.02447545082660.765330556724-0.1907681165660.32416762869-0.00642217076831-0.0121077360655-0.08665042173430.0123498379875-0.000710190180695-0.116397287311-0.0361726447743-0.00639115530146-0.0002528579994830.1114984916880.00318526102629-0.006969813889540.117907711847-0.003242662038910.12931252608615.554191196618.503149317316.413178027
20.4233663659670.0992312381461-0.1109268083430.424024301067-0.08966446617750.335328450187-0.0242274379574-0.00488576837632-0.13927248678-0.0044423419049-0.020275195622-0.1658088122060.029640748846-0.017422510832-0.07038396323680.126878206964-0.00135687183191-0.009692874793340.1132115482550.008257571824370.1633312161869.898853962450.82686086697618.2097935874
30.04131290516510.0497163695967-0.02841220980560.0121432623968-0.0007537984395490.03740033000970.0886271179274-0.0124250810817-0.05435250587510.01342400559760.04823782893640.142413950414-0.007795882714790.0174743337353-0.0001199213047420.136117965095-0.00365418920257-0.007606418771330.1502954768840.01825227457420.117098698996-5.925112514714.281611105215.0483340058
40.492429796701-0.01629182558780.03936950869450.0392698282056-0.005221818112350.006240004060390.0145732034949-0.01306383587390.01107420319250.001373858860260.01040902947820.01012350589930.002138666910770.00198547978268-4.11802833328E-50.383014295049-0.108735863595-0.105770519140.276428164994-0.04005846710940.2440267608161.628656075547.906380432481.52272181106
54.797244456741.64789914825.261520498891.720965204142.213484883245.916225060670.0268827174006-0.0314023418187-0.00362952673287-0.0785774635171-0.07957863331720.01641197507590.147932946964-0.07416025655640.04552595709260.459235656464-0.0189400573470.01975275424520.321997184231-0.07238782525210.61735554790114.20749074547.743723743819.84195562061
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 17 through 218 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 219 through 305 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 306 through 327 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 401 through 401 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 402 through 402 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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