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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vt4 | ||||||
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Title | Crystal structure of mutant E393Q of MtGlu5 | ||||||
![]() | Endoglucanase H | ||||||
![]() | HYDROLASE / cellulase / GH5 / Meiothermus taiwanensis WR-220 / endo-beta-1 / 4-glucanase | ||||||
Function / homology | ![]() glucan catabolic process / cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, T.J. / Ko, P.T. / Huang, K.F. / Wu, S.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Synergic action of an inserted carbohydrate-binding module in a glycoside hydrolase family 5 endoglucanase. Authors: Ye, T.J. / Huang, K.F. / Ko, T.P. / Wu, S.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 470.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 314.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 6.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 6.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 77.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7vt5C ![]() 7vt6C ![]() 7vt7C ![]() 7vt8C ![]() 3mmuS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 16 - 452 / Label seq-ID: 16 - 452
|
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Components
#1: Protein | Mass: 52976.133 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E393Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.85 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M citric acid, 0.7M ammonium sulfate, 20% PEG 400, pH 5.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Oct 31, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 97424 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 19.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 22.06 |
Reflection shell | Resolution: 1.93→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.059 / Num. unique obs: 9740 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.872 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3mmu Resolution: 1.93→26.97 Å / SU ML: 0.1786 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.0525 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→26.97 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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