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- PDB-7vn9: Crystal structure of human coronavirus 229E spike protein recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vn9
タイトルCrystal structure of human coronavirus 229E spike protein receptor-binding domain in complex with C04 Fab
要素
  • C04 Fab heavy chain
  • C04 Fab light chain
  • Spike glycoprotein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / Neutralizing antibody (中和抗体) / human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス229E) / C04 Fab. / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.49 Å
データ登録者Xiang, J.C. / Yang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32070170 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Antigenic mapping reveals sites of vulnerability on alpha-HCoV spike protein.
著者: Xiang, J. / Su, J. / Lan, Q. / Zhao, W. / Zhou, Y. / Xu, Y. / Niu, J. / Xia, S. / Qi, Q. / Sidhu, S. / Lu, L. / Miersch, S. / Yang, B.
履歴
登録2021年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: C04 Fab heavy chain
L: C04 Fab light chain
E: Spike glycoprotein S1
A: C04 Fab heavy chain
B: C04 Fab light chain
C: Spike glycoprotein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,50310
ポリマ－127,6856
非ポリマー1,8194
水0
1
H: C04 Fab heavy chain
L: C04 Fab light chain
E: Spike glycoprotein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8535
ポリマ－63,8423
非ポリマー1,0112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: C04 Fab heavy chain
B: C04 Fab light chain
C: Spike glycoprotein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6505
ポリマ－63,8423
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.732, 183.732, 255.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))
21(chain H and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))
12chain B
22(chain L and (resid 1 through 180 or resid 186 through 203))
13(chain C and (resid 296 through 310 or resid 317 through 431 or resid 432 or resid 435))
23(chain E and (resid 296 through 431 or resid 437 or resid 440))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))A2 - 136
121(chain A and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))A144 - 147
131(chain A and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))A149 - 222
211(chain H and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))H2 - 136
221(chain H and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))H144 - 147
231(chain H and (resid 2 through 136 or resid 144 through 147 or resid 149 through 222))H149 - 222
112chain BB1 - 203
212(chain L and (resid 1 through 180 or resid 186 through 203))L1 - 180
222(chain L and (resid 1 through 180 or resid 186 through 203))L186 - 203
113(chain C and (resid 296 through 310 or resid 317 through 431 or resid 432 or resid 435))C296 - 310
123(chain C and (resid 296 through 310 or resid 317 through 431 or resid 432 or resid 435))C317 - 431
133(chain C and (resid 296 through 310 or resid 317 through 431 or resid 432 or resid 435))C432
143(chain C and (resid 296 through 310 or resid 317 through 431 or resid 432 or resid 435))C435
213(chain E and (resid 296 through 431 or resid 437 or resid 440))E296 - 431
223(chain E and (resid 296 through 431 or resid 437 or resid 440))E437
233(chain E and (resid 296 through 431 or resid 437 or resid 440))E440

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EC

#3: タンパク質 Spike glycoprotein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 16194.324 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human coronavirus 229E (ヒトコロナウイルス 229E)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15423

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 C04 Fab heavy chain


分子量: 24304.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 抗体 C04 Fab light chain


分子量: 23343.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
糖 , 3種, 4分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.6M AmSO4, 0.1M Critic Acid pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.49→50 Å / Num. obs: 15864 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 174 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 6.75
反射 シェル解像度: 4.49→4.66 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1514 / CC1/2: 0.527 / CC star: 0.831 / Rpim(I) all: 0.544 / Rrim(I) all: 1.802 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ATK, 6DF2

6atk

6df2


解像度: 4.49→42.66 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 797 5.06 %
Rwork0.2734 14946 -
obs0.2742 15743 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 286.51 Å2 / Biso mean: 199.1161 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.49→42.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8422 0 120 0 8542
Biso mean--243.94 --
残基数----1113
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1760X-RAY DIFFRACTION21.313TORSIONAL
12H1760X-RAY DIFFRACTION21.313TORSIONAL
21B1654X-RAY DIFFRACTION21.313TORSIONAL
22L1654X-RAY DIFFRACTION21.313TORSIONAL
31C1091X-RAY DIFFRACTION21.313TORSIONAL
32E1091X-RAY DIFFRACTION21.313TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.49-4.770.36041300.34042407253799
4.77-5.140.32541280.304924532581100
5.14-5.650.31711360.289924582594100
5.65-6.470.28321380.294924802618100
6.47-8.140.32891200.29225342654100
8.14-42.660.23991450.22862614275998
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.738 Å / Origin y: 55.9337 Å / Origin z: 50.1939 Å
111213212223313233
T1.7886 Å20.2635 Å2-0.1361 Å2-1.4945 Å2-0.0999 Å2--1.7116 Å2
L0.6686 °20.2233 °2-0.5838 °2-0.3389 °2-0.0253 °2--0.7328 °2
S0.0661 Å °0.0278 Å °-0.1547 Å °-0.2862 Å °-0.069 Å °0.056 Å °0.1618 Å °-0.0518 Å °0.0281 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH2 - 223
2X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 213
3X-RAY DIFFRACTION1allE296 - 435
4X-RAY DIFFRACTION1allE436 - 440
5X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 222
6X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 203
7X-RAY DIFFRACTION1allC297 - 431
8X-RAY DIFFRACTION1allC432 - 435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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