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万見
- PDB-7uwk: Structure of the higher-order IL-25-IL-17RB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwk
タイトルStructure of the higher-order IL-25-IL-17RB complex
要素
  • Interleukin-17 receptor B
  • Interleukin-25Interleukin 25
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / Receptor complex (受容体) / IL-17E / IL-25 / IL-17RB
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17E receptor binding / interleukin-17 receptor activity / eosinophil differentiation / Interleukin-17 signaling / response to nematode / response to fungus / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine activity / regulation of cell growth ...interleukin-17E receptor binding / interleukin-17 receptor activity / eosinophil differentiation / Interleukin-17 signaling / response to nematode / response to fungus / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine activity / regulation of cell growth / defense response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Interleukin-17 family ...Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Interleukin-17 family / インターロイキン-17 / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-25 / Interleukin-17 receptor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Wilson, S.C. / Caveney, N.A. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI51321 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Organizing structural principles of the IL-17 ligand-receptor axis.
著者: Steven C Wilson / Nathanael A Caveney / Michelle Yen / Christoph Pollmann / Xinyu Xiang / Kevin M Jude / Maximillian Hafer / Naotaka Tsutsumi / Jacob Piehler / K Christopher Garcia /
要旨: The IL-17 family of cytokines and receptors have central roles in host defence against infection and development of inflammatory diseases. The compositions and structures of functional IL-17 family ...The IL-17 family of cytokines and receptors have central roles in host defence against infection and development of inflammatory diseases. The compositions and structures of functional IL-17 family ligand-receptor signalling assemblies remain unclear. IL-17E (also known as IL-25) is a key regulator of type 2 immune responses and driver of inflammatory diseases, such as allergic asthma, and requires both IL-17 receptor A (IL-17RA) and IL-17RB to elicit functional responses. Here we studied IL-25-IL-17RB binary and IL-25-IL-17RB-IL-17RA ternary complexes using a combination of cryo-electron microscopy, single-molecule imaging and cell-based signalling approaches. The IL-25-IL-17RB-IL-17RA ternary signalling assembly is a C2-symmetric complex in which the IL-25-IL-17RB homodimer is flanked by two 'wing-like' IL-17RA co-receptors through a 'tip-to-tip' geometry that is the key receptor-receptor interaction required for initiation of signal transduction. IL-25 interacts solely with IL-17RB to allosterically promote the formation of the IL-17RB-IL-17RA tip-to-tip interface. The resulting large separation between the receptors at the membrane-proximal level may reflect proximity constraints imposed by the intracellular domains for signalling. Cryo-electron microscopy structures of IL-17A-IL-17RA and IL-17A-IL-17RA-IL-17RC complexes reveal that this tip-to-tip architecture is a key organizing principle of the IL-17 receptor family. Furthermore, these studies reveal dual actions for IL-17RA sharing among IL-17 cytokine complexes, by either directly engaging IL-17 cytokines or alternatively functioning as a co-receptor.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-25
C: Interleukin-17 receptor B
B: Interleukin-25
D: Interleukin-17 receptor B
E: Interleukin-25
I: Interleukin-17 receptor B
G: Interleukin-25
K: Interleukin-17 receptor B
F: Interleukin-25
J: Interleukin-17 receptor B
H: Interleukin-25
L: Interleukin-17 receptor B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,83612
ポリマ－330,83612
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Interleukin-25 / Interleukin 25 / IL-25 / Interleukin-17E / IL-17E


分子量: 21490.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL25, IL17E, UNQ3120/PRO10272 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H293
#2: タンパク質
Interleukin-17 receptor B / IL-17 receptor B / IL-17RB / Cytokine receptor-like 4 / IL-17 receptor homolog 1 / IL-17Rh1 / ...IL-17 receptor B / IL-17RB / Cytokine receptor-like 4 / IL-17 receptor homolog 1 / IL-17Rh1 / IL17Rh1 / Interleukin-17B receptor / IL-17B receptor


分子量: 33649.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17RB, CRL4, EVI27, IL17BR, UNQ2501/PRO19612 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRM6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: higher-order IL-25-IL-17RB complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297300 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316851
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.71622890
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.6932298
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462541
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072961

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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