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- PDB-7txb: Structure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txb
タイトルStructure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Mycobacterium tuberculosis complexed with substrate F1,6BP
要素Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
キーワードHYDROLASE/SUBSTRATE / class II FBPases / fructose-1 (フルクトース) / 6-bisphosphatase / Francisella tularensis / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / gluconeogenesis (糖新生) / antibiotic targets / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol metabolic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / 糖新生 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphatase class 2/Sedoheputulose-1,7-bisphosphatase / Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C. / Selezneva, A.I. / Gutka, H.J.
資金援助2件
組織認可番号国
Other privatePotts Memorial Foundation G3541
Other privateChicago Biomedical Consortium 084679-00001
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: New structures of Class II Fructose-1,6-Bisphosphatase from Francisella tularensis provide a framework for a novel catalytic mechanism for the entire class.
著者: Selezneva, A.I. / Harding, L.N.M. / Gutka, H.J. / Movahedzadeh, F. / Abad-Zapatero, C.
履歴
登録2022年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
A: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2348
ポリマ－73,3212
非ポリマー9136
水81145
1
B: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The native enzyme in the active conformation is a tetramer. This crystal form is unusual in that in contains the substrate bound and there could be conformational changes.
  • 37.1 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1174
ポリマ－36,6601
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Fructose-1,6-bisphosphatase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1174
ポリマ－36,6601
非ポリマー4573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.110, 117.110, 325.917
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Fructose-1,6-bisphosphatase class 2 / FBPase class 2 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase class 2


分子量: 36660.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: glpX, MRA_1110 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U1E6, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸 / フルクトース-1,6-ビスリン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.04 % / 解説: hexagonal bipyramids
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: 2.9 M Sodium Malonate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.71→20 Å / Num. obs: 14655 / % possible obs: 98.64 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 88.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.14 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.71→3.84 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.678 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 656 / Rrim(I) all: 0.427 / Rsym value: 0.678 / % possible all: 89.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ayu

6ayu


解像度: 3.71→19.99 Å / SU ML: 0.3546 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.368
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 736 5.07 %
Rwork0.2126 13784 -
obs0.2155 14520 98.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.71→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 54 45 4587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61656228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8165673
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.71-3.990.36991310.29022537X-RAY DIFFRACTION93.38
3.99-4.390.3141560.22922709X-RAY DIFFRACTION99.83
4.39-5.010.22071740.18742735X-RAY DIFFRACTION100
5.01-6.280.28831420.23352805X-RAY DIFFRACTION100
6.29-19.990.24551330.1822998X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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