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万見
- PDB-7sj4: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sj4
タイトルHuman Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1
要素
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
  • Triple functional domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / guanine nucleotide exchange factor / GTPase / dbl homology / pleckstrin homology
機能・相同性
機能・相同性情報


cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / engulfment of apoptotic cell ...cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / engulfment of apoptotic cell / NTRK2 activates RAC1 / Inactivation of CDC42 and RAC1 / NADPH oxidase complex / respiratory burst / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / negative regulation of fibroblast migration / RHO GTPases activate CIT / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / Nef and signal transduction / motor neuron axon guidance / PCP/CE pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of nitric oxide biosynthetic process / RHO GTPases activate KTN1 / Activation of RAC1 / regulation of lamellipodium assembly / Azathioprine ADME / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / regulation of cell size / establishment or maintenance of cell polarity / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / extrinsic component of membrane / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of fat cell differentiation / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHOJ GTPase cycle / presynaptic active zone / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / CDC42 GTPase cycle / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / anatomical structure morphogenesis / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / neuron projection morphogenesis / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / Signal transduction by L1 / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / regulation of cell migration / actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell chemotaxis / cell-matrix adhesion / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / G protein activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / actin filament organization / axon guidance / cell projection / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cell motility / RHO GTPases Activate Formins / regulation of actin cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / : / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / : / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / SH3 domain / Small GTPase / Ras family / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Triple functional domain protein / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Chen, C.-L. / Ravala, S.K. / Bandekar, S.J. / Cash, J. / Tesmer, J.J.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA221289 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)F31CA224804 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2022
タイトル: Structural/functional studies of Trio provide insights into its configuration and show that conserved linker elements enhance its activity for Rac1.
著者: Sumit J Bandekar / Chun-Liang Chen / Sandeep K Ravala / Jennifer N Cash / Larisa V Avramova / Mariya V Zhalnina / J Silvio Gutkind / Sheng Li / John J G Tesmer /
要旨: Trio is a large and highly conserved metazoan signaling scaffold that contains two Dbl family guanine nucleotide exchange factor (GEF) modules, TrioN and TrioC, selective for Rac and RhoA GTPases, ...Trio is a large and highly conserved metazoan signaling scaffold that contains two Dbl family guanine nucleotide exchange factor (GEF) modules, TrioN and TrioC, selective for Rac and RhoA GTPases, respectively. The GEF activities of TrioN and TrioC are implicated in several cancers, especially uveal melanoma. However, little is known about how these modules operate in the context of larger fragments of Trio. Here we show via negative stain electron microscopy that the N-terminal region of Trio is extended and could thus serve as a rigid spacer between the N-terminal putative lipid-binding domain and TrioN, whereas the C-terminal half of Trio seems globular. We found that regions C-terminal to TrioN enhance its Rac1 GEF activity and thus could play a regulatory role. We went on to characterize a minimal, well-behaved Trio fragment with enhanced activity, Trio, in complex with Rac1 using cryo-electron microscopy and hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry and found that the region conferring enhanced activity is disordered. Deletion of two different strongly conserved motifs in this region eliminated this enhancement, suggesting that they form transient intramolecular interactions that promote GEF activity. Because Dbl family RhoGEF modules have been challenging to directly target with small molecules, characterization of accessory Trio domains such as these may provide alternate routes for the development of therapeutics that inhibit Trio activity in human cancer.
履歴
登録2021年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triple functional domain protein
B: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4042
ポリマ－97,4042
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Triple functional domain protein / PTPRF-interacting protein


分子量: 75592.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS
参照: UniProt: O75962, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 21811.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P63000
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Trio residues 1284-1959 in complex with Rac1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta (DE3) pLysS
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)C8H18N2O4S1
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
32 mMdithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force 10

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Residual tilt: 0.01 mradians
撮影平均露光時間: 3.12 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 2817
詳細: 3514 movies were initially collected. After motion correction and CTF estimation, 697 micrographs were rejected due to poor CTF fitting.
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184 / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
8Coot9.6モデルフィッティング
10Coot9.6モデル精密化
11PHENIX1.20-4459モデル精密化
12cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.3.1分類
15cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 922202 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: The initial model was generated from the pdb structure (2NZ8) using the SWISS-MODEL server and rigid-body fitted using Chimera. Several runs of structure refinement were done using the coot ...詳細: The initial model was generated from the pdb structure (2NZ8) using the SWISS-MODEL server and rigid-body fitted using Chimera. Several runs of structure refinement were done using the coot and phenix real-space refinement.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 2NZ8 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 2NZ8

2nz8

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023964
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4145350
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.5631502
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041593
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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