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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rzk | ||||||
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タイトル | Co-soak crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with ADP to 1.9 Angstrom resolution - SAD data | ||||||
要素 | Fatty Acid Kinase A | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Fatty acid kinase A / phosphorylation (リン酸化) / fatty acid (脂肪酸) / N-terminus domain (N末端) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Co-soak crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with ADP to 1.9 Angstrom resolution - SAD data 著者: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rzk.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rzk.ent.gz | 41.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24445.777 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A5Z4 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium formate, 20% w/v PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.6039 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.6039 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→81.25 Å / Num. obs: 16525 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.033 / Χ2: 0.55 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1041 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.336 / Χ2: 0.51 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→46.95 Å / SU ML: 0.1793 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 19.5048 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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