PDB-7rm7: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphyloc...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7rm7

タイトル

The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with ADP to 1.025 Angstrom resolution

要素

Fatty Acid Kinase A

キーワード

LIGASE (リガーゼ) / Fatty acid kinase A /

phosphorylation (リン酸化) /

fatty acid (脂肪酸) /

N-terminus domain (N末端)

機能・相同性

機能・相同性情報

glycerone kinase activity / glycerol metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.025 Å

データ登録者

Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with ADP to 1.025 Angstrom resolution
著者: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W.

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7rm7.cif.gz	189.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7rm7.ent.gz	152.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7rm7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/7rm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rm/7rm7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7snb-d 2dyt-d 2r1b-1 2jr0-d 2r1b-2 2n1r-d 2max-d 3vms-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty Acid Kinase A

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.665, 57.399, 81.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty Acid Kinase A 分子量: 24445.777 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A5Z4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris Hcl pH8.5, 30%PEG4000 (JCSG core IV #21)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.025→34.24 Å / Num. obs: 95789 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 8.3 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 1.025→1.04 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3447 / CC_1/2: 0.65 / R_pim(I) all: 0.396 / % possible all: 70.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.025→34.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.985 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.911 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.024
詳細: Phasing was performed using this data set as a remote wavelength coupled with the SAD data from a cobalt-derivatized crystal (PDB ID 7RZK). Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1441	4782	4.996 %
R_work	0.1177	90938	-
all	0.119	-	-
obs	-	95720	95.158 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.035 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.134 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.514 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.025→34.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1659	0	38	361	2058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.046	1.623	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.67	1.565	4219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.361	5	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.682	26.173	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.704	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.729	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	393
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.274	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.258	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.43	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.292	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.568	1.151	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.569	1.149	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.157	1.707	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.155	1.708	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.263	1.532	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.263	1.532	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.493	2.156	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.49	2.156	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.631	17.912	2424
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.007	15.916	2319
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	14.257	3	3720

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.025-1.052	0.312	261	0.293	5081	X-RAY DIFFRACTION	72.6407
1.052-1.08	0.229	289	0.214	6117	X-RAY DIFFRACTION	89.2325
1.08-1.112	0.167	333	0.157	6335	X-RAY DIFFRACTION	95.6671
1.112-1.146	0.151	335	0.141	6164	X-RAY DIFFRACTION	96.0396
1.146-1.183	0.153	312	0.134	6055	X-RAY DIFFRACTION	96.6601
1.183-1.225	0.129	329	0.123	5841	X-RAY DIFFRACTION	96.7995
1.225-1.271	0.159	301	0.122	5677	X-RAY DIFFRACTION	97.3774
1.271-1.323	0.148	292	0.117	5501	X-RAY DIFFRACTION	97.5417
1.323-1.382	0.129	274	0.115	5299	X-RAY DIFFRACTION	97.9782
1.382-1.449	0.151	262	0.111	5078	X-RAY DIFFRACTION	98.2882
1.449-1.528	0.134	242	0.106	4900	X-RAY DIFFRACTION	98.4303
1.528-1.62	0.13	241	0.099	4572	X-RAY DIFFRACTION	98.708
1.62-1.732	0.135	218	0.1	4398	X-RAY DIFFRACTION	98.9496
1.732-1.87	0.136	212	0.109	4077	X-RAY DIFFRACTION	98.9845
1.87-2.049	0.122	233	0.097	3744	X-RAY DIFFRACTION	99.3753
2.049-2.29	0.118	176	0.094	3414	X-RAY DIFFRACTION	99.281
2.29-2.643	0.122	156	0.095	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.5054
2.643-3.234	0.14	160	0.106	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.163
3.234-4.563	0.143	93	0.112	2012	X-RAY DIFFRACTION	96.7371
4.563-34.24	0.254	63	0.215	1045	X-RAY DIFFRACTION	86.1586

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.9801 Å / Origin y: 5.2362 Å / Origin z: -12.5135 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0196 Å²	0.0006 Å²	-0.0002 Å²	-	0.0153 Å²	-0.0009 Å²	-	-	0.0005 Å²
L	0.0655 °²	0.0079 °²	0.02 °²	-	0.0374 °²	-0.0074 °²	-	-	0.0965 °²
S	0.0009 Å °	0.005 Å °	-0.0057 Å °	-0.0006 Å °	0.0014 Å °	0.0002 Å °	0.0025 Å °	0.0033 Å °	-0.0023 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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