PDB-7qf3: Structure of the R57Q mutant of miniSOG expressed in E. coli in r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qf3

タイトル

Structure of the R57Q mutant of miniSOG expressed in E. coli in regular LB medium

要素

miniSOG (R57Q mutant)

キーワード

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) /

LOV DOMAIN /

RIBOFLAVIN (リボフラビン) /

PHOTOSENSITIZING PROTEIN (光増感剤) /

FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質)

機能・相同性

: /

フラビンモノヌクレオチド

機能・相同性情報

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Lafaye, C. / Aumonier, S. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, N. / Gotthard, G. / Royant, A.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Photochem Photobiol Sci / 年: 2022
タイトル: Riboflavin-binding proteins for singlet oxygen production.
著者: Lafaye, C. / Aumonier, S. / Torra, J. / Signor, L. / von Stetten, D. / Noirclerc-Savoye, M. / Shu, X. / Ruiz-Gonzalez, R. / Gotthard, G. / Royant, A. / Nonell, S.

履歴

登録	2021年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qf3.cif.gz	71.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qf3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/7qf3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qf2C 7qf4C 7qf5C 6gpuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7qf4-d 7qf2-d 6gpu-d 7qf5-d 6s45-d 6qqh-d 6s46-d 6qqi-d 6otl-d 6qsa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: miniSOG (R57Q mutant)

ヘテロ分子

15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.951, 39.951, 133.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	miniSOG (R57Q mutant) 分子量: 14855.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 104分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris-Hcl pH 8.0, 20 mM MgCl2, 28% PEG 4000, 15 mM CoCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9322 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月21日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9322 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→38.28 Å / Num. obs: 45101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4488 / CC_1/2: 0.596 / R_rim(I) all: 1.199 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GPU

6gpu

解像度: 1.1→38.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / SU B: 1.169 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1702	2275	5.044 %
R_work	0.1443	42825	-
all	0.145	-	-
obs	-	45100	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.784 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.201 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.201 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.401 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→38.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	941	0	34	100	1075

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.246	1.65	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.541	1.581	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.136	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.412	22.923	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.574	15	198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.212	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.132	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	500
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.31	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.328	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.293	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.274	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.297	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.636	1.207	492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.576	1.203	491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.009	1.818	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.045	1.825	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.839	1.423	624
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.847	1.424	621
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.193	2.03	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.191	2.029	907
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.598	13.982	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.531	13.613	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.052	3	2175

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.129	0.282	166	0.255	3113	X-RAY DIFFRACTION	99.9695
1.129-1.159	0.231	193	0.229	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.159-1.193	0.241	188	0.205	2914	X-RAY DIFFRACTION	99.9034
1.193-1.23	0.237	145	0.19	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.27	0.209	149	0.175	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.27-1.315	0.208	142	0.164	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
1.315-1.364	0.173	140	0.147	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.817
1.364-1.42	0.156	114	0.123	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.9625
1.42-1.483	0.163	144	0.115	2420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.483-1.555	0.138	98	0.096	2304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.555-1.639	0.144	110	0.094	2214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.639-1.738	0.165	111	0.103	2114	X-RAY DIFFRACTION	100
1.738-1.858	0.14	120	0.108	1958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.858-2.006	0.154	106	0.114	1848	X-RAY DIFFRACTION	100
2.006-2.197	0.142	96	0.121	1702	X-RAY DIFFRACTION	99.9444
2.197-2.456	0.17	67	0.13	1587	X-RAY DIFFRACTION	99.8792
2.456-2.834	0.168	62	0.149	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.834-3.466	0.201	53	0.161	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.466-4.881	0.118	46	0.138	977	X-RAY DIFFRACTION	100
4.881-38.28	0.198	25	0.228	606	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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