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- PDB-7p7u: E. faecalis 70S ribosome with P-tRNA, state IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p7u
タイトルE. faecalis 70S ribosome with P-tRNA, state IV
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 27
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • mRNA伝令RNA
  • tRNA-fMet
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Enterococcus faecalis (エンテロコッカス・ファエカリス) / P-tRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site ...Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / プトレシン / スペクチノマイシン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 ...: / プトレシン / スペクチノマイシン / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Crowe-McAuliffe, C. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI3285/8-1 ドイツ
Swedish Research Council2017-03783 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for PoxtA-mediated resistance to phenicol and oxazolidinone antibiotics.
著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Susanne Huch / Marje Kasari / Hiraku Takada / Lilit Nersisyan / Arnfinn Sundsfjord / Kristin Hegstad / Gemma C Atkinson / ...著者: Caillan Crowe-McAuliffe / Victoriia Murina / Kathryn Jane Turnbull / Susanne Huch / Marje Kasari / Hiraku Takada / Lilit Nersisyan / Arnfinn Sundsfjord / Kristin Hegstad / Gemma C Atkinson / Vicent Pelechano / Daniel N Wilson / Vasili Hauryliuk /
要旨: PoxtA and OptrA are ATP binding cassette (ABC) proteins of the F subtype (ABCF). They confer resistance to oxazolidinone and phenicol antibiotics, such as linezolid and chloramphenicol, which stall ...PoxtA and OptrA are ATP binding cassette (ABC) proteins of the F subtype (ABCF). They confer resistance to oxazolidinone and phenicol antibiotics, such as linezolid and chloramphenicol, which stall translating ribosomes when certain amino acids are present at a defined position in the nascent polypeptide chain. These proteins are often encoded on mobile genetic elements, facilitating their rapid spread amongst Gram-positive bacteria, and are thought to confer resistance by binding to the ribosome and dislodging the bound antibiotic. However, the mechanistic basis of this resistance remains unclear. Here we refine the PoxtA spectrum of action, demonstrate alleviation of linezolid-induced context-dependent translational stalling, and present cryo-electron microscopy structures of PoxtA in complex with the Enterococcus faecalis 70S ribosome. PoxtA perturbs the CCA-end of the P-site tRNA, causing it to shift by ∼4 Å out of the ribosome, corresponding to a register shift of approximately one amino acid for an attached nascent polypeptide chain. We postulate that the perturbation of the P-site tRNA by PoxtA thereby alters the conformation of the attached nascent chain to disrupt the drug binding site.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Structural basis for PoxtA-mediated resistance to Phenicol and Oxazolidinone antibiotics
著者: Crowe-McAuliffe, C. / Murina, V. / Kasari, M. / Takada, H. / Turnbull, K.J. / Sundsfjord, A. / Hegstad, K. / Atkinson, G.C. / Wilson, D.N. / Hauryliuk, V.
#2: ジャーナル: mSphere / 年: 2018
タイトル: The Enterococcus Cassette Chromosome, a Genomic Variation Enabler in Enterococci.
著者: A Sivertsen / J Janice / T Pedersen / T M Wagner / J Hegstad / K Hegstad /
要旨: has a highly variable genome prone to recombination and horizontal gene transfer. Here, we have identified a novel genetic island with an insertion locus and mobilization genes similar to those of ... has a highly variable genome prone to recombination and horizontal gene transfer. Here, we have identified a novel genetic island with an insertion locus and mobilization genes similar to those of staphylococcus cassette chromosome elements SCC This novel element termed the enterococcus cassette chromosome (ECC) element was located in the 3' region of and encoded large serine recombinases similar to SCC Horizontal transfer of an ECC element termed ECC:: containing a knock-in chloramphenicol resistance determinant occurred in the presence of a conjugative plasmid. We determined the ECC:: insertion site in the 3' region of in the recipient by long-read sequencing. ECC:: also mobilized by homologous recombination through sequence identity between flanking insertion sequence (IS) elements in ECC:: and the conjugative plasmid. The genes were found in 69 of 516 genomes in GenBank. Full-length ECC elements were retrieved from 32 of these genomes. ECCs were flanked by and sites of approximately 50 bp. The sequences were found by PCR and sequencing of circularized ECCs in three strains. The genes in ECCs contained an amalgam of common and rare genes. Taken together, our data imply that ECC elements act as hot spots for genetic exchange and contribute to the large variation of accessory genes found in is a bacterium found in a great variety of environments, ranging from the clinic as a nosocomial pathogen to natural habitats such as mammalian intestines, water, and soil. They are known to exchange genetic material through horizontal gene transfer and recombination, leading to great variability of accessory genes and aiding environmental adaptation. Identifying mobile genetic elements causing sequence variation is important to understand how genetic content variation occurs. Here, a novel genetic island, the enterococcus cassette chromosome, is shown to contain a wealth of genes, which may aid in adapting to new environments. The transmission mechanism involves the only two conserved genes within ECC, , large serine recombinases that insert ECC into the host genome similarly to SCC elements found in staphylococci.
履歴
登録2021年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13245
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L31 type B
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
D: tRNA-fMet
G: 50S ribosomal protein L2
H: 50S ribosomal protein L3
I: 50S ribosomal protein L4
J: 50S ribosomal protein L5
K: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S ribosomal protein L28
a: 16S rRNA
b: mRNA
c: 30S ribosomal protein S2
d: 30S ribosomal protein S3
e: 30S ribosomal protein S4
f: 30S ribosomal protein S5
g: 30S ribosomal protein S6
h: 30S ribosomal protein S7
i: 30S ribosomal protein S8
j: 30S ribosomal protein S9
k: 30S ribosomal protein S10
l: 30S ribosomal protein S11
m: 30S ribosomal protein S12
n: 30S ribosomal protein S13
o: 30S ribosomal protein S14 type Z
p: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S16
r: 30S ribosomal protein S17
s: 30S ribosomal protein S18
t: 30S ribosomal protein S19
u: 30S ribosomal protein S20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,150,800395
ポリマ－2,139,65551
非ポリマー11,146344
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 12345678GHIJKMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7342.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV0
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6365.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW1
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B / リボソーム


分子量: 10138.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMV6
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6548.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMM2
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6052.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XR98
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5373.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSI4
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7727.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM73
#8: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4440.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT9
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30291.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR6
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22758.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR3
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22549.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: Q839G3
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20123.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS2
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19437.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: Q839E9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16325.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSB2
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13165.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS1
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15602.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT1
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16261.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14503.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKX1
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12937.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS7
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13244.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XPL8
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13674.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM76
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11166.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMC1
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12473.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT6
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11089.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR7
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11137.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV5
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 10175.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMB1
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 7005.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRZ8

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 ABDab

#9: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 944000.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: GenBank: CP002621.1
#10: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 37433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: GenBank: CP002621.1
#11: RNA鎖 tRNA-fMet


分子量: 24811.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#31: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 504222.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
#32: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 6219.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Sequence unknown. Likely a mixture of several mRNA sequences.
由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 cdefghijklmnopqrstu

#33: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29500.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XQD8
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 24415.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR8
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23273.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRV7
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17444.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW0
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11621.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB6
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17864.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ3
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14936.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS6
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14271.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSA2
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11731.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR5
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13739.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV1
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 15309.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ7
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13595.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT7
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7172.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT0
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10668.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRW3
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10356.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XP69
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 10332.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS3
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9262.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10586.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS0
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 8972.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XQJ7

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非ポリマー , 5種, 344分子

#52: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#53: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#54: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#55: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#56: 化合物 ChemComp-SCM / SPECTINOMYCIN / ACTINOSPECTACIN / ESPECTINOMICINA / CHX-3101 / スペクチノマイシン / スペクチノマイシン


分子量: 332.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O7 / コメント: 抗生剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome from E. faecalis with P-tRNA (initiation complex), state IV.リボソーム
タイプ: RIBOSOME
詳細: Obtained by affinity purification of FLAG-tagged PoxtA.
Entity ID: #1-#51 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
緩衝液pH: 9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Grid was prepared by four applications of elution fraction from affinity purification.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 30.255 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3639
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_4373精密化
PHENIXdev_4373精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFINDCTF補正
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 203231
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18512 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 70.21 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036151759
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5029227424
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.034429115
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003811906
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.928571171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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