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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ono | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PBP3 transpeptidase domain from E. coli | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / PBP3 / peptidoglycan synthesis / transpeptidase domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 divisome complex / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization ...divisome complex / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to xenobiotic stimulus / cell division / proteolysis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Freischem, S. / Grimm, I. / Weiergraeber, O.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2021 タイトル: Interaction Mode of the Novel Monobactam AIC499 Targeting Penicillin Binding Protein 3 of Gram-Negative Bacteria. 著者: Freischem, S. / Grimm, I. / Lopez-Perez, A. / Willbold, D. / Klenke, B. / Vuong, C. / Dingley, A.J. / Weiergraber, O.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ono.cif.gz | 188.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ono.ent.gz | 133.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ono.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ono_validation.pdf.gz | 250.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ono_full_validation.pdf.gz | 252.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ono_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ono_validation.cif.gz | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7ono ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7ono | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43696.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ftsI, pbpB, b0084, JW0082 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0AD68, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-TMO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14.4 mg/ml PBP3, 0.1 M sodium cacodylate, 5% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) MPD, 0.2% (w/v) betaine, 0.2% (w/v) L-glutamic acid, 0.2% (w/v) L-proline, 0.2% (w/v) taurine, 0.2% (w/v) trimethlyamin N-oxide, 0.02 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.298→47.743 Å / Num. obs: 9457 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 17.8 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.298→2.603 Å / 冗長度: 15.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 473 / CC1/2: 0.84 / Rrim(I) all: 1.456 / % possible all: 74.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4BJP 解像度: 2.3→47.74 Å / SU ML: 0.2205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4743 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 66.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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