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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ond | ||||||
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タイトル | HaloTag Engineering for Enhanced Fluorogenicity and Kinetics with a Styrylpyridine Dye | ||||||
要素 | Haloalkane dehalogenase | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / HaloTag / Fluorescence / Imaging / mammalian cells / fluorescent reporter / channel dye / directed evolution | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodococcus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Stein, A. / Liang, A.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021 タイトル: HaloTag Engineering for Enhanced Fluorogenicity and Kinetics with a Styrylpyridium Dye. 著者: Miro-Vinyals, C. / Stein, A. / Fischer, S. / Ward, T.R. / Deliz Liang, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ond.cif.gz | 146 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ond.ent.gz | 112.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ond.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ond_validation.pdf.gz | 797.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ond_full_validation.pdf.gz | 798.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ond_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ond_validation.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7ond ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/7ond | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34416.242 Da / 分子数: 2 / 変異: R133C, E143M, F144H, M175Y, V245A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: dhaA / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3G3, haloalkane dehalogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 0.2 M Magnesium Chloride hexahydrate, 20 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0000314 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0000314 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→47.1 Å / Num. obs: 90750 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06203 / Net I/σ(I): 18.68 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.502 Å / Rmerge(I) obs: 0.3734 / Num. unique obs: 8968 / CC1/2: 0.965 / Rpim(I) all: 0.1506 / Rrim(I) all: 0.4031 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5y2x 解像度: 1.45→47.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.106 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 52.28 Å2 / Biso mean: 11 Å2 / Biso min: 4.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→47.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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