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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nvg | |||||||||||||||
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タイトル | Salmonella flagellar basal body refined in C1 map | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / bacterial flagellum / flagella / basal body | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...bacterial-type flagellum basal body, distal rod, L ring / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, distal rod, P ring / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Johnson, S. / Furlong, E. / Lea, S.M. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021 タイトル: Molecular structure of the intact bacterial flagellar basal body. 著者: Steven Johnson / Emily J Furlong / Justin C Deme / Ashley L Nord / Joseph J E Caesar / Fabienne F V Chevance / Richard M Berry / Kelly T Hughes / Susan M Lea / 要旨: The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the ...The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the inner membrane to the micrometre-long flagellar filament that powers bacterial swimming in viscous fluids. Here, we present structures of the intact Salmonella flagellar basal body, encompassing the inner membrane rotor, drive shaft and outer-membrane bushing, solved using cryo-electron microscopy to resolutions of 2.2-3.7 Å. The structures reveal molecular details of how 173 protein molecules of 13 different types assemble into a complex spanning two membranes and a cell wall. The helical drive shaft at one end is intricately interwoven with the rotor component with both the export gate complex and the proximal rod forming interactions with the MS-ring. At the other end, the drive shaft distal rod passes through the LP-ring bushing complex, which functions as a molecular bearing anchored in the outer membrane through interactions with the lipopolysaccharide. The in situ structure of a protein complex capping the drive shaft provides molecular insights into the assembly process of this molecular machine. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nvg.cif.gz | 5.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nvg.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7nvg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nvg_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nvg_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nvg_validation.xml.gz | 600.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nvg_validation.cif.gz | 892.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/7nvg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nv/7nvg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 97分子 A1B1C1D1E1F1G1H1I1J1K1L1M1N1O1P1Q1R1S1T1U1V1W1X1Y1Z1a1b1c1d1...
#1: タンパク質 | 分子量: 61295.645 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: P15928 #5: タンパク質 | 分子量: 11087.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0D6FLN2 #10: タンパク質 | 分子量: 24726.666 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0J5DWE9 #11: タンパク質 | 分子量: 38194.176 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0F7J5J5 #12: タンパク質 | 分子量: 24001.637 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0F7J820 |
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-Flagellar biosynthetic protein ... , 3種, 10分子 A2B2C2D2E2F2G2H2I2J2
#2: タンパク質 | 分子量: 26801.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0D6FLD2 #3: タンパク質 | | 分子量: 28938.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0D6FLB3 #4: タンパク質 | 分子量: 9606.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0F7J7J8 |
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-Flagellar basal body ... , 2種, 10分子 Q2R2S2T2U2b2c2d2e2f2
#6: タンパク質 | 分子量: 15145.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0D6GKK7 #8: タンパク質 | 分子量: 26121.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0D6GIC9 |
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-Flagellar basal-body rod protein ... , 2種, 30分子 V2W2X2Y2Z2a2g2h2i2j2k2l2m2n2o2p2q2r2s2t2u2v2w2x2y2z212223242
#7: タンパク質 | 分子量: 13991.889 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0F7J5J2 #9: タンパク質 | 分子量: 27784.807 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 参照: UniProt: A0A0F7J893 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Salmonella flagellar basal body / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60497 / 対称性のタイプ: POINT |