PDB-7nfr: Fujian capmidlink domain in complex with Nb8194

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nfr

タイトル

Fujian capmidlink domain in complex with Nb8194

要素

NB8194
Polymerase basic protein 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza polymerase / cap-binding domain /

nanobody (ナノボディ)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity /

キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion /

virion component / viral RNA genome replication /

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Keown, J.R. / Grimes, J.M. / Fodor, E.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /

要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nfr.cif.gz	294.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nfr.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nfr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	12322C 12323C 12342C 12348C 12361C 12362C 12363C 12364C 12371C 12372C 12373C 12375C 12428C 12429C 12430C 12431C 12433C 12435C 12437C 12440C 12447C 7nfqC 7nftC 7nhaC 7nhcC 7nhxC 7ni0C 7nikC 7nilC 7nirC 7nisC 7nj3C 7nj4C 7nj5C 7nj7C 7nk1C 7nk2C 7nk4C 7nk6C 7nk8C 7nkaC 7nkcC 7nkiC 7nkrC 6s5vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ddy-2 5j4y-d 5ddy-1 2cy8-d 6poh-d 3zpn-d 5qn6-d 2r2j-d 5cb1-1 7bvi-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase basic protein 2

B: NB8194

ヘテロ分子

48.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.596, 65.462, 59.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.216, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 34249.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E3N3
#2: 抗体	NB8194 分子量: 14180.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% w/v Peg3350, 0.2 M (NH4)2SO4, and 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→56.98 Å / Num. obs: 30100 / % possible obs: 89.92 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 40.79 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.29
反射シェル	解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 1775 / CC_1/2: 0.159

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc2_3794	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S5V

6s5v

解像度: 1.88→56.98 Å / SU ML: 0.2911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.4831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	1516	5.07 %
R_work	0.1948	28372	-
obs	0.1974	29888	89.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→56.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3125	0	28	77	3230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	3214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5718	4334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0466	485
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0032	562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.2463	449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.88-1.94	0.4412	74	0.3732	1340	X-RAY DIFFRACTION	46.91
1.94-2.01	0.3627	84	0.3525	1887	X-RAY DIFFRACTION	65.68
2.01-2.09	0.4057	136	0.3255	2280	X-RAY DIFFRACTION	80.99
2.09-2.19	0.3351	155	0.2843	2732	X-RAY DIFFRACTION	95.5
2.19-2.3	0.3298	174	0.2492	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.45	0.2884	147	0.2367	2842	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.64	0.2736	151	0.2124	2871	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.64-2.9	0.2753	147	0.2015	2853	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.9-3.32	0.264	142	0.1973	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.32-4.19	0.2248	136	0.167	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
4.19-56.98	0.1946	170	0.1633	2925	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.18463077081	-2.73366466127	-1.7005077769	5.52894137252	1.28980074736	2.31002678219	0.213309889864	0.576764987671	-0.0853064166357	-0.604617540016	0.0558859141453	-0.49919470472	-0.136624368863	1.33041974293	-0.236614817601	0.309736163025	-0.00513400398881	0.082517227241	0.463254871206	-0.0415872735872	0.436440160573	-9.93832859831	-0.855374866665	-11.4647528188
2	4.15451954739	0.596038639665	0.279201698248	6.42437557329	-0.000215188099606	9.21112457763	0.114457876235	0.235631431994	0.489941660317	-0.0968265311682	-0.145248516036	-0.254037050343	-0.689891546466	-0.0434547133875	0.0522553586694	0.245548594614	0.017016347954	0.0434001370442	0.309439499501	-0.0357542049619	0.292018255064	-16.7077422946	4.97700896978	-11.0655352713
3	-0.171152082724	-0.237145866532	-0.325761389967	3.38455116216	-1.1135317419	1.15137891752	0.109380272469	0.0143632577584	0.0882327710025	-0.365346998792	-0.0143288385268	0.0101418076109	0.153385430726	-0.146049595703	-0.0716102021988	0.354346968663	-0.0199390058571	-0.0452669238058	0.467333005306	-0.0358293273782	0.362660131508	-21.5096006495	-10.5507418818	-6.44876089648
4	5.94056695419	0.121188268352	5.62664545316	2.05518485034	-0.479240390957	5.17062157715	-0.255859807219	-0.00859477973422	0.365425176379	0.28132834454	0.0264410326159	0.120440295427	-0.439311348418	-0.0990441581385	0.260507987241	0.35671686061	-0.0289004875847	0.055147574349	0.4631846544	-0.0218479790388	0.398015006578	-20.1289300799	-20.16635055	14.2942159414
5	7.84038685451	1.10794029318	-4.04187665923	2.75681105033	-1.1522022295	4.66026023603	0.0529167763052	0.297297635259	-0.0115371347213	-0.290278977189	-0.102556336642	0.0755885656087	0.102722366079	0.0231975264016	0.0384283983974	0.335312890837	0.00325298832194	-0.030515648096	0.302741922242	0.00304342439214	0.259704437484	-15.1695303307	-25.9164343744	-3.51590893546
6	1.48847599221	0.188295483575	-0.328013007454	4.97297126656	0.187941173021	3.60717926698	-0.025759722313	-0.116146792026	-0.144506627549	0.115945871043	-0.0303136742861	-0.298795103579	0.390548628961	0.396907897385	0.0453742946856	0.28771560602	0.0195315917413	0.0259919773323	0.452854110212	0.0303958082781	0.287655493848	-8.72055704586	-26.9903267237	3.06498343129
7	7.9941085182	-2.86090388525	-2.33542801879	6.66425551656	2.53813893159	6.32544955559	-0.327814370197	-0.152065627108	0.287378661918	0.193705800307	0.164532922031	0.889769278136	0.454148175875	-0.377234156611	0.295776039319	0.366525042553	-0.0495729795668	0.0185561977693	0.33263574879	0.0962569188727	0.268818569538	-24.2065482951	-7.20835173733	-3.29583177894
8	6.0485965249	2.21126207487	-3.06872057972	3.93457586371	-3.74163369949	4.49952545317	-0.224972689834	0.3423449591	-0.210707379067	0.310538187132	0.097913192841	-0.688757451606	-0.0112207934122	0.387338727931	0.388372403541	0.359430221536	-0.0355018400687	0.0420190468986	0.51180080426	-0.0896115884877	0.448104858169	-11.3781482832	-3.67017550847	-7.73645911011
9	5.99196969566	5.29414548186	0.170499323088	4.75325654012	-1.18964830337	5.90324684092	0.218718885371	-0.21013523103	-0.334795022351	-0.474497615262	-0.555729912212	-0.79274859703	0.269806561682	0.783379317313	0.321088490384	0.498646740962	0.0979163682696	0.0273505249803	0.521720817982	-0.0111586867799	0.268793949041	13.8898241792	-24.9583720799	-22.3522602051
10	1.95196459977	-0.380008728166	2.09539785375	6.58934623915	1.54764887383	4.36560984211	0.115797276207	0.100931059114	-0.36022073636	-0.558842803359	0.171152547336	0.0093958984047	0.565130939685	0.0967295175747	-0.160926926473	0.590515390797	-0.0331135981546	0.0357049597935	0.388020919912	0.00279437120492	0.303300408191	4.28000285828	-32.4063314355	-27.2287279898
11	7.70394480641	3.6829482817	7.1727621162	3.23785357787	2.8708220246	9.44369068645	0.252661790184	-0.499531887918	-0.317366109344	0.343636133157	-0.171779718407	-0.273122385668	-0.209595375142	-0.703277516047	0.00364723360884	0.487502668892	0.0216827888829	-0.0191552281103	0.382285520035	0.065173621467	0.277628526103	5.97930479228	-23.5001764336	-13.6755469446
12	9.00888323957	-0.845450300888	1.8804686423	2.43570869496	0.584249483542	5.4305291044	0.573780656202	0.33187379945	0.452804298215	-0.223441288859	-0.397851221903	0.740097244411	0.271100672291	-1.31063962956	0.00212255184127	0.467617721121	0.0213164441022	0.0109866983311	0.410460899785	0.0873640344743	0.393214404623	-3.39252976443	-23.9952056335	-25.3276138638
13	3.92412968157	2.75146651522	3.17396624668	4.09588348183	5.23188958331	8.17118852671	-0.414400461973	0.206516147057	0.393054655563	-0.72921204477	0.196866819375	0.496413591568	-0.958517636457	-0.191249392029	0.156292992962	0.65028521088	0.0638631518412	0.0429085820576	0.342331839233	0.075990663254	0.351063762391	1.79659573416	-18.2671651076	-25.4250141982
14	4.59072399867	2.17560791017	1.46657031953	8.28629167031	-2.38154737931	6.11027003747	0.0104249702611	0.187874846479	0.205464294589	-0.214898656403	-0.343783874978	0.166624126719	-0.0320627749538	0.0699142270882	0.286694091885	0.258548984802	0.031998045999	0.0149725595846	0.311635262688	0.0241095674728	0.214643356473	7.9113935055	-22.7812673721	-23.4464674782
15	6.35470471042	3.346026739	-1.12373821158	8.12242965827	-2.94286541355	8.40401702632	-0.488931530667	-0.577925734573	-0.388546821421	0.0616693878853	0.640118238416	0.529471263756	0.496984366431	-0.380563471393	-0.00285549753165	0.541234332795	0.0828893704599	0.039386003172	0.416925740541	0.0283291930245	0.287922733088	1.27786172307	-32.2128612372	-15.8721515535
16	6.729450636	4.9013973416	7.19247687633	3.93826344161	5.90605845831	9.20119034515	-1.06364463665	0.49264775516	-0.0144958015158	0.0581788766643	0.974572995011	-2.29879710515	-0.510284076324	0.796684435911	0.100498122684	0.421235400647	-0.0523075820624	-0.138515618294	0.521037433065	0.0172748545765	0.709566642549	19.6247924699	-14.3109175995	-16.8703910234

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 252 through 272 )	A	A	252 - 272	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 273 through 305 )	A	A	273 - 305	22 - 54
3	3	chain 'A' and (resid 306 through 335 )	A	A	306 - 335	55 - 84
4	4	chain 'A' and (resid 336 through 358 )	A	A	336 - 358	85 - 107
5	5	chain 'A' and (resid 359 through 405 )	A	A	359 - 405	108 - 154
6	6	chain 'A' and (resid 406 through 485 )	A	A	406 - 485	155 - 237
7	7	chain 'A' and (resid 486 through 507 )	A	A	486 - 507	238 - 257
8	8	chain 'A' and (resid 508 through 532 )	A	A	508 - 532	258 - 282
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 17 )	B	F	1 - 17	1 - 17
10	10	chain 'B' and (resid 18 through 33 )	B	F	18 - 33	18 - 33
11	11	chain 'B' and (resid 34 through 45 )	B	F	34 - 45	34 - 46
12	12	chain 'B' and (resid 46 through 60 )	B	F	46 - 60	47 - 61
13	13	chain 'B' and (resid 61 through 73 )	B	F	61 - 73	62 - 74
14	14	chain 'B' and (resid 74 through 98 )	B	F	74 - 98	75 - 99
15	15	chain 'B' and (resid 99 through 110 )	B	F	99 - 110	100 - 111
16	16	chain 'B' and (resid 111 through 120 )	B	F	111 - 120	112 - 121

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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