PDB-7mu7: Ask1 bound to compound 3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mu7

タイトル

Ask1 bound to compound 3

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR /

ASK1 (MAP3K5) /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex /

protein kinase complex /

MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.298 Å

データ登録者

Chodaparambil, J.V. / Marcotte, D.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Discovery of Potent, Selective and CNS-Penetrant Apoptosis Signal-regulating Kinase 1 (ASK1) Inhibitors that Modulate Brain Inflammation in Vivo
著者: Chodaparambil, J.V.

履歴

登録	2021年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mu7.cif.gz	224.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mu7.ent.gz	177.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/7mu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/7mu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bf2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

76.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.050, 77.050, 419.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1140- HOH

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEK kinase 5 / MEKK 5 分子量: 37518.453 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q99683, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-RFG / 3-methoxy-N-{6-[4-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]pyridin-2-yl}-1-(pyrazin-2-yl)-1H-pyrazole-4-carboxamide 分子量: 405.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₉O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1M BisTRIS pH 5.5, 0.2M ammonium acetate, 3% sorbitol and 12% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→49 Å / Num. obs: 34330 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 18.5 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 21.87
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Num. unique obs: 3290 / CC_1/2: 0.66

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bf2

4bf2

解像度: 2.298→48.265 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2416	1716	5 %
R_work	0.2053	-	-
obs	0.2071	34325	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.298→48.265 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3982	0	76	60	4118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4151
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845	5620
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.968	2956
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	610
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3654	0.3366	137	0.2822	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3654-2.4417	0.3001	139	0.2712	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4417-2.529	0.3453	139	0.2696	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.6302	0.2899	140	0.2511	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6302-2.7499	0.3043	142	0.231	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7499-2.8949	0.2644	139	0.2286	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8949-3.0762	0.2728	142	0.2329	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0762-3.3137	0.2884	142	0.2362	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3137-3.6471	0.2305	143	0.2036	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6471-4.1746	0.1924	145	0.1763	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1746-5.2585	0.213	148	0.1628	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2585-48.265	0.2343	160	0.21	3045	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3661	4.2571	-1.7847	2.6957	-0.1581	3.4893	0.0704	-0.0907	-0.046	0.18	0.0304	-0.6488	-0.0794	0.2959	-0.0551	0.6031	0.1953	-0.0476	0.443	0.0231	0.4069	5.67	2.0904	-19.513
2	4.863	-2.8595	-2.718	7.6557	7.6716	8.4321	-0.0639	-0.0974	-0.1046	0.6137	0.1934	-0.031	0.4617	0.4046	-0.1501	0.7337	0.241	0.0779	0.4966	0.1147	0.396	1.5697	-3.1941	-20.3035
3	2.2944	2.0605	1.708	9.3733	-2.6733	3.6691	0.33	-1.3044	0.5288	1.3116	-0.2168	0.8234	0.0408	-0.0969	-0.0683	1.1273	0.2951	0.2928	0.9148	0.0724	0.7534	-9.2251	3.625	-9.3252
4	3.769	0.7591	-0.1799	3.4847	-0.3418	2.5505	0.026	-0.5647	-0.4135	-0.0829	-0.0655	0.2192	0.4754	0.2644	-0.0245	0.6459	0.1736	0.0722	0.4338	0.058	0.5857	-6.0602	-1.5986	-19.0396
5	3.8795	-0.8347	-0.3029	3.0199	-1.4826	4.3315	0.0701	-0.1602	-0.0584	0.0725	0.045	0.1818	0.1664	0.0548	-0.1012	0.4624	0.1101	0.0165	0.3027	-0.0023	0.4512	-13.0034	10.4455	-28.5985
6	2.4192	-0.6256	0.2583	3.5045	-0.6628	3.8363	-0.0072	-0.1757	-0.042	0.2253	0.1323	0.4203	-0.3495	-0.3842	-0.1089	0.4864	0.1724	0.0368	0.4019	-0.0028	0.5941	-19.7036	22.3011	-27.8826
7	4.5615	-0.6821	-5.9057	3.4059	0.3526	7.8911	0.078	-0.2311	-0.9709	-0.3903	-0.1763	-0.0772	-0.1981	0.1963	0.0043	0.6837	0.0992	-0.0191	0.5892	-0.0533	0.5082	-55.9315	1.6566	-15.5939
8	5.0187	0.6064	0.1581	2.2033	0.0467	5.6328	-0.0861	0.2529	0.6528	-0.887	0.1391	0.0274	-1.1589	0.1794	-0.0157	0.8558	-0.0402	0.0664	0.4133	-0.002	0.3977	-48.4393	11.0415	-14.5075
9	6.695	0.8682	1.8132	6.8241	0.2147	4.7129	-0.3056	0.9892	0.3683	-1.4458	0.3172	-0.0844	-0.4316	0.4926	-0.1446	0.8833	-0.0547	0.1431	0.438	-0.0529	0.5369	-44.0673	9.7	-13.1253
10	5.1563	1.8357	-0.823	7.1597	-0.3549	6.7096	0.1021	-0.0814	0.0729	0.0512	0.008	-0.4752	-0.2385	0.2065	-0.088	0.3968	-0.0348	0.0064	0.2859	-0.0831	0.4073	-43.7051	14.9889	4.5829
11	4.6174	-0.6947	-2.4359	4.1275	3.253	7.2568	0.351	0.4487	0.4777	-0.5586	-0.225	-0.1014	-1.2952	-0.1521	-0.339	0.7888	-0.0438	-0.0018	0.4318	-0.0371	0.5966	-43.9847	28.3094	0.4772
12	3.1421	-0.4709	-1.1366	8.3461	0.8552	6.1405	0.2999	0.1251	0.3763	0.1795	0.0156	-0.0584	-1.4161	-0.2443	-0.2579	0.9026	0.0406	0.0691	0.4828	-0.1313	0.5201	-46.1163	30.8473	11.8497
13	2.6137	-0.2284	-2.5113	7.8525	-1.05	2.6563	-0.0878	-0.9786	0.0926	0.4433	0.0923	-1.3665	-0.2472	1.8677	0.119	0.6617	-0.045	-0.2338	0.7663	-0.1336	0.9097	-32.3502	19.2808	13.384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 671 through 699 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 700 through 712 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 713 through 731 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 732 through 758 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 759 through 842 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 843 through 940 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 669 through 684 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 685 through 731 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 732 through 758 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 759 through 820 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 821 through 876 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 877 through 928 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 929 through 940 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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