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- PDB-7m6b: The Crystal Structure of Mcbe1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7m6b
タイトルThe Crystal Structure of Mcbe1
要素Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)DNAメチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / methyl transferase (メチルトランスフェラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNAアデニンメチルトランスフェラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity
類似検索 - 分子機能
Adenine modification methylase, M.EcoRV-type / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / Adenine-specific methyltransferase, domain 2 / D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / S-アデノシルメチオニン / DNAメチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor bescii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of Mcbe1
著者: Alahuhta, P.M. / Lunin, V.V.
履歴
登録2021年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9697
ポリマ-67,6632
非ポリマー1,3055
7,080393
1
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6143
ポリマ-33,8321
非ポリマー7832
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3544
ポリマ-33,8321
非ポリマー5233
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)52.446, 73.750, 160.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
111B1 - 266
211A1 - 266

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / DNAメチルトランスフェラーゼ


分子量: 33831.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor bescii (strain ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320) (バクテリア)
: ATCC BAA-1888 / DSM 6725 / Z-1320 / 遺伝子: Athe_2437 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B9MNH4, DNAアデニンメチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M Citric acid pH 4.0 and 1.0 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月26日 / 詳細: HELIOS MIRRORS
放射モノクロメーター: HELIOS MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.429 Å / Num. obs: 50187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.39 % / Rsym value: 0.0766 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.07 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 7031 / Rsym value: 0.5786 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
MOLREP位相決定
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PROTEUM PLUSデータ収集
PROTEUM PLUSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DPM
解像度: 1.9→43.429 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.506 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 2498 4.989 %
Rwork0.2057 47568 -
all0.208 --
obs-50066 99.858 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.158 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.451 Å20 Å20 Å2
2--1.69 Å2-0 Å2
3----1.239 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.429 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3928 0 88 393 4409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173908
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.6495637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3231.5838990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0795480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76522.768224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.69115703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5951520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1770.23729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.21993
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21860
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1550.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1460.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2120.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6522.9641938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6522.9641938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9264.4222412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9264.4232413
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2893.2822234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2893.2822234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1554.773225
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1544.7693226
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.38434.6314918
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.30134.2794831
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.130.057465
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.129780.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.129780.05007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.3511800.3323463X-RAY DIFFRACTION99.8082
1.949-2.0030.3241790.3113398X-RAY DIFFRACTION99.9721
2.003-2.0610.3311530.2833299X-RAY DIFFRACTION99.9132
2.061-2.1240.3051740.2743170X-RAY DIFFRACTION99.9104
2.124-2.1940.291580.2493122X-RAY DIFFRACTION99.9086
2.194-2.2710.2581750.2293003X-RAY DIFFRACTION99.9685
2.271-2.3560.2731530.232865X-RAY DIFFRACTION99.8346
2.356-2.4520.2731330.2082831X-RAY DIFFRACTION99.798
2.452-2.5610.2671490.2122671X-RAY DIFFRACTION99.8937
2.561-2.6860.2751300.1922576X-RAY DIFFRACTION99.8524
2.686-2.8310.2191350.1862457X-RAY DIFFRACTION99.8075
2.831-3.0030.2341260.1842314X-RAY DIFFRACTION99.9181
3.003-3.210.2391160.1942208X-RAY DIFFRACTION99.914
3.21-3.4670.2411150.1852046X-RAY DIFFRACTION99.5853
3.467-3.7970.214870.1791894X-RAY DIFFRACTION99.7482
3.797-4.2440.18950.1591720X-RAY DIFFRACTION99.9449
4.244-4.8980.207860.151545X-RAY DIFFRACTION99.8775
4.898-5.9930.185740.1751311X-RAY DIFFRACTION100
5.993-8.4520.21500.2051049X-RAY DIFFRACTION100
8.452-43.4290.3300.256626X-RAY DIFFRACTION98.6466

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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