PDB-7m0l: HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7m0l

タイトル

HPK1 IN COMPLEX WITH COMPOUND 1

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibiotr / HPK1 HEMATOPOIETIC PROGENITOR KINASE /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibiotr complex

機能・相同性

機能・相同性情報

MAP kinase kinase kinase kinase activity / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / JNK cascade / peptidyl-serine phosphorylation / cell population proliferation / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation /

non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction /

protein phosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Lesburg, C.A.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Diaminopyrimidine Carboxamide HPK1 Inhibitors as Preclinical Immunotherapy Tool Compounds.
著者: Vara, B.A. / Levi, S.M. / Achab, A. / Candito, D.A. / Fradera, X. / Lesburg, C.A. / Kawamura, S. / Lacey, B.M. / Lim, J. / Methot, J.L. / Xu, Z. / Xu, H. / Smith, D.M. / Piesvaux, J.A. / ...

履歴

登録	2021年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7m0l.cif.gz	479.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7m0l.ent.gz	396.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7m0l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/7m0l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7m0kC 7m0mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7m0k-1 7jv0-d 7m0k-2 7juv-d 1til-1 7juz-d 7juw-d 2w9z-d 6lv0-d 1ygu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

D: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	44.850, 76.723, 88.413
Angle α, β, γ (deg.)	89.970, 97.840, 90.030
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	7 - 290	3 - 286
2	1	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	7 - 290	3 - 286
1	2	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	6 - 292	2 - 288
2	2	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	6 - 292	2 - 288
1	3	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	6 - 294	2 - 290
2	3	PRO	PRO	PRO	PRO	D	D	6 - 294	2 - 290
1	4	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	7 - 290	3 - 286
2	4	ASP	ASP	LYS	LYS	C	C	7 - 290	3 - 286
1	5	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	7 - 290	3 - 286
2	5	ASP	ASP	LYS	LYS	D	D	7 - 290	3 - 286
1	6	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	6 - 292	2 - 288
2	6	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	6 - 292	2 - 288

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1 / Hematopoietic progenitor kinase / MAPK/ERK kinase kinase kinase 1 / MEK kinase kinase 1 / MEKKK 1 分子量: 32587.861 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP4K1, HPK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92918, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-YK4 / 4-(2-bromoanilino)-2-[(6-methoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-7-yl)amino]pyrimidine-5-carboxamide 分子量: 483.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃BrN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 20 mM Tris pH 8.0 , 150 mM NaCl , 5% Glycerol , 2 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→87.59 Å / Num. obs: 42306 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 61.068 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.057 / R_sym value: 0.043 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 12.89
反射シェル	解像度: 2.43→2.68 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique obs: 10850 / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.563 / R_sym value: 0.433 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PREVIOUSLY SOLVED STRUCTURE

解像度: 2.43→87.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 38.694 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.735 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2928	980	2.3 %	RANDOM
R_work	0.2459	-	-	-
obs	0.247	41326	96.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 228.98 Å² / B_iso mean: 94.047 Å² / B_iso min: 26.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.31 Å²	0.07 Å²	6.36 Å²
2-	-	-3.83 Å²	-0.11 Å²
3-	-	-	-2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.43→87.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9102	0	124	72	9298
B_iso mean	-	-	70.57	63.63	-
残基数	-	-	-	-	1152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	8941
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.982	12161
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.241	3	19274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.494	5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.716	23.819	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.975	15.043	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.685	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1988

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6350	0.01
1	2	B	6350	0.01
2	1	A	6456	0.02
2	2	C	6456	0.02
3	1	A	6710	0.01
3	2	D	6710	0.01
4	1	B	6550	0.01
4	2	C	6550	0.01
5	1	B	6412	0.01
5	2	D	6412	0.01
6	1	C	6496	0.01
6	2	D	6496	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.43→2.493 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.474	60	-
R_work	0.416	3102	-
all	-	3162	-
obs	-	-	94.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5023	1.0175	-4.6966	3.5784	-2.9431	4.2343	0.3095	0.6034	0.4001	-0.5402	-0.2852	-0.1766	0.0597	0.3121	-0.0243	0.5398	-0.1412	0.0269	0.8207	0.0665	0.8327	14.391	8.763	-5.476
2	7.2	1.555	0.833	0.3825	-0.1535	2.9027	0.1464	-0.1138	-0.2871	-0.0397	-0.0676	-0.09	0.2203	0.6344	-0.0788	0.724	0.016	-0.0392	0.6522	0.0032	0.6927	6.681	-13.352	-16.81
3	7.8328	-5.2581	-6.5211	7.8206	0.5398	8.8962	0.4562	-0.4813	-0.1871	-0.2416	-0.2946	0.4082	-0.4928	0.8452	-0.1617	0.7062	-0.0796	0.0643	0.576	0.0543	0.5101	12.759	-19.339	-24.977
4	3.2868	0.0039	0.3144	5.9716	0.1575	3.5208	-0.0833	0.1675	-0.0817	-0.2542	-0.0976	0.0433	0.3168	-0.0243	0.1809	0.0514	0.0168	0.0511	0.0736	0.0552	0.5943	-6.536	-6.579	2.477
5	0.6902	-0.2485	-1.2555	2.3041	-1.5312	9.3099	-0.2443	-0.6387	-0.2358	0.7811	0.0155	0.2414	0.66	-0.0147	0.2287	0.9708	0.0122	0.0172	1.003	0.0506	1.059	19.288	-43.221	-9.495
6	21.7417	2.1779	13.7794	0.5114	1.2572	8.7912	-0.4846	-0.7079	0.7656	-0.0364	0.0147	0.184	-0.32	-0.4266	0.4699	0.7276	-0.0071	0.1385	0.6359	0.1039	0.7474	6.079	-19.911	-10.003
7	1.2362	1.8975	-2.0291	11.3779	3.1412	8.0069	-0.2663	-0.2949	-0.0251	0.3536	0.1218	0.0465	1.0999	1.0137	0.1444	0.4356	0.114	0.1437	0.6227	-0.0156	0.5603	-0.031	-15.997	-3.677
8	3.8331	-0.924	-0.7248	6.1167	-0.6537	4.1039	0.1538	0.1587	0.1049	-0.0663	-0.0759	0.2221	-0.3181	-0.2945	-0.0778	0.3832	-0.0589	0.08	0.2071	-0.0088	0.5637	16.377	-28.228	-33.088
9	0.9495	0.8144	-0.9438	1.3554	0.1142	7.1298	-0.1227	0.5658	-0.2092	-0.3804	0.1555	-0.0532	0.424	0.0508	-0.0329	0.8894	0.0186	-0.0424	0.8547	-0.0801	0.9195	27.555	-5.103	-59.391
10	7.0072	2.0929	4.3092	1.3078	1.3902	2.6769	-0.3241	0.1622	-0.0914	-0.0043	0.4073	0.0098	-0.1145	0.1344	-0.0831	0.7103	0.0092	0.1594	0.6581	-0.0303	0.7491	40.16	16.937	-58.823
11	2.7851	-0.9181	-4.0151	9.2443	-1.3804	6.6151	-0.2774	0.1837	-0.1198	-0.3445	0.0653	-0.1144	0.5582	-0.3635	0.2121	0.453	-0.09	0.1254	0.4809	-0.0223	0.5459	46.505	22.345	-65.184
12	4.549	1.0223	-0.5252	6.2508	0.741	4.4834	0.1441	-0.0842	0.0759	-0.0024	-0.0639	-0.2649	-0.3115	0.2979	-0.0803	0.3797	0.05	0.0886	0.1913	0.0226	0.5495	30.394	10.063	-36.175
13	8.6405	-0.6195	-3.8561	4.3507	3.0271	3.836	0.2669	-0.6964	0.2904	0.6449	-0.3057	0.2109	0.0254	-0.3983	0.0388	0.5405	0.1464	0.0186	0.8459	-0.0663	0.8419	32.065	47.138	-63.409
14	1.3968	-0.8453	-2.0956	0.5179	1.2909	3.3845	0.0599	0.2587	-0.2331	0.0136	-0.114	0.1269	0.2935	-0.45	0.054	0.8725	-0.0333	-0.1315	0.6771	0.0443	0.8814	39.491	24.48	-52.527
15	4.606	3.2961	-4.5463	9.1206	1.6323	8.0347	0.3921	0.2737	-0.2631	0.256	-0.4531	-0.4184	-0.4416	-0.6597	0.0609	0.6892	0.0686	0.0901	0.5468	-0.02	0.4512	33.67	19.029	-43.947
16	3.3323	-0.2048	0.1321	5.8469	0.1324	3.7182	-0.0903	-0.13	-0.0828	0.2508	-0.0487	-0.0458	0.3262	0.0426	0.1391	0.0508	-0.0189	0.0427	0.0718	-0.0197	0.598	53.261	31.65	-71.599

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	161 - 173
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	184 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	174 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	94 - 160
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	7 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	161 - 173
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	184 - 193
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	174 - 183
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	94 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	195 - 291
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	5 - 93
14	X-RAY DIFFRACTION	10	C	161 - 173
15	X-RAY DIFFRACTION	10	C	184 - 193
16	X-RAY DIFFRACTION	11	C	174 - 183
17	X-RAY DIFFRACTION	12	C	94 - 160
18	X-RAY DIFFRACTION	12	C	195 - 293
19	X-RAY DIFFRACTION	13	D	6 - 93
20	X-RAY DIFFRACTION	14	D	161 - 173
21	X-RAY DIFFRACTION	14	D	184 - 193
22	X-RAY DIFFRACTION	15	D	174 - 183
23	X-RAY DIFFRACTION	16	D	94 - 160
24	X-RAY DIFFRACTION	16	D	195 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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