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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lnt | ||||||
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タイトル | Ternary complex of the Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus bound to benzyl monophosphate and ATP | ||||||
要素 | Isopentenyl phosphate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Phosphotransferase ATP Biocatalysis Isoprenoids Enzyme Promiscuity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl phosphate kinase / isopentenyl phosphate kinase activity / isoprenoid biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Thomas, L.M. / Singh, S. / Scull, E.M. / Bourne, C.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Molecular Basis for the Substrate Promiscuity of Isopentenyl Phosphate Kinase from Candidatus methanomethylophilus alvus . 著者: Johnson, B.P. / Kumar, V. / Scull, E.M. / Thomas, L.M. / Bourne, C.R. / Singh, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lnt.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lnt.ent.gz | 88.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lnt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/7lnt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30533.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Methanomethylophilus alvus (古細菌) 遺伝子: BKD89_07040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G3II74, isopentenyl phosphate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 15% PEG 10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月22日 / 詳細: Osmic Veri Max Mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 22277 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 28.17 Å2 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.89 / Num. unique obs: 999 / CC1/2: 0.874 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.412 / Χ2: 0.712 / % possible all: 89.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CMA apo model 解像度: 2.35→29.45 Å / SU ML: 0.2472 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.529 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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