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万見
- PDB-7lms: Structure of human SetD3 methyl-transferase in complex with 2A pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lms
タイトルStructure of human SetD3 methyl-transferase in complex with 2A protease from Coxsackievirus B3
要素
  • Actin-histidine N-methyltransferase
  • Protease 2A
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / viral protease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / : / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / positive regulation of muscle cell differentiation ...protein-histidine N-methyltransferase / peptidyl-histidine methylation / regulation of uterine smooth muscle contraction / protein-L-histidine N-tele-methyltransferase activity / actin modification / : / symbiont-mediated perturbation of host gene expression / histone H3K36 methyltransferase activity / histone H3K4 methyltransferase activity / positive regulation of muscle cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / PKMTs methylate histone lysines / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / actin binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA複製 / RNA helicase activity / transcription coactivator activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / クロマチン / virion attachment to host cell / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / タンパク質分解 / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Actin-histidine N-methyltransferase SETD3 / SETD3, SET domain / SETD3 actin-histidine N-methyltransferase (EC 2.1.1.85) family profile. / Rubisco LSMT, substrate-binding domain / Rubisco LSMT, substrate-binding domain superfamily / Rubisco LSMT substrate-binding / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. ...Actin-histidine N-methyltransferase SETD3 / SETD3, SET domain / SETD3 actin-histidine N-methyltransferase (EC 2.1.1.85) family profile. / Rubisco LSMT, substrate-binding domain / Rubisco LSMT, substrate-binding domain superfamily / Rubisco LSMT substrate-binding / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / Genome polyprotein / Actin-histidine N-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B3 (コクサッキーウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Verba, K.A. / Schulze-Gahmen, U.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure-function analysis of enterovirus protease 2A in complex with its essential host factor SETD3.
著者: Christine E Peters / Ursula Schulze-Gahmen / Manon Eckhardt / Gwendolyn M Jang / Jiewei Xu / Ernst H Pulido / Conner Bardine / Charles S Craik / Melanie Ott / Or Gozani / Kliment A Verba / ...著者: Christine E Peters / Ursula Schulze-Gahmen / Manon Eckhardt / Gwendolyn M Jang / Jiewei Xu / Ernst H Pulido / Conner Bardine / Charles S Craik / Melanie Ott / Or Gozani / Kliment A Verba / Ruth Hüttenhain / Jan E Carette / Nevan J Krogan /
要旨: Enteroviruses cause a number of medically relevant and widespread human diseases with no approved antiviral therapies currently available. Host-directed therapies present an enticing option for this ...Enteroviruses cause a number of medically relevant and widespread human diseases with no approved antiviral therapies currently available. Host-directed therapies present an enticing option for this diverse genus of viruses. We have previously identified the actin histidine methyltransferase SETD3 as a critical host factor physically interacting with the viral protease 2A. Here, we report the 3.5 Å cryo-EM structure of SETD3 interacting with coxsackievirus B3 2A at two distinct interfaces, including the substrate-binding surface within the SET domain. Structure-function analysis revealed that mutations of key residues in the SET domain resulted in severely reduced binding to 2A and complete protection from enteroviral infection. Our findings provide insight into the molecular basis of the SETD3-2A interaction and a framework for the rational design of host-directed therapeutics against enteroviruses.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protease 2A
A: Actin-histidine N-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5174
ポリマ－84,0682
非ポリマー4502
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protease 2A


分子量: 16584.482 Da / 分子数: 1 / 変異: C107A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)
株: Nancy / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03313, ピコルナイン2A
#2: タンパク質 Actin-histidine N-methyltransferase / SET domain-containing protein 3 / hSETD3


分子量: 67483.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SETD3, C14orf154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q86TU7, protein-histidine N-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Coxsackievirus B3 2A protease and human SetD3 methyltransferase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.084 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Coxsackievirus B3 (strain Nancy) (コクサッキーウイルス)562
21Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMTCEP1
試料濃度: 0.34 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 17mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 68 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細Fitting-ID
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC2.14CTF補正
7Rosetta3モデルフィッティングFastRelax Torsion1
11cryoSPARC2.14分類
12cryoSPARC2.14３次元再構成
20Rosetta3モデル精密化1
21PHENIX1.18モデル精密化1
22ISOLDE1.01モデル精密化1
23Rosetta3モデルフィッティングFastRelax Torsion2
24Rosetta3モデル精密化2
25PHENIX1.18モデル精密化2
26ISOLDE1.01モデル精密化2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1100000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1FLEXIBLE FITREAL
2FLEXIBLE FITREAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
16MBK

6mbk

A1
24MG3

4mg3

A2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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