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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kda | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human methionine adenosyltransferase 2A (MAT2A) in complex with SAM and allosteric inhibitor compound 34 | ||||||
要素 | S-adenosylmethionine synthase isoform type-2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/Inhibitor / METHIONINE ADENOSYLTRANSFERASE / SAM / Allosteric Inhibitor / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / メチル化 / protein heterooligomerization / protein hexamerization / small molecule binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / one-carbon metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å | ||||||
データ登録者 | Padyana, A. / Jin, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of AG-270, a First-in-Class Oral MAT2A Inhibitor for the Treatment of Tumors with Homozygous MTAP Deletion. 著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. ...著者: Konteatis, Z. / Travins, J. / Gross, S. / Marjon, K. / Barnett, A. / Mandley, E. / Nicolay, B. / Nagaraja, R. / Chen, Y. / Sun, Y. / Liu, Z. / Yu, J. / Ye, Z. / Jiang, F. / Wei, W. / Fang, C. / Gao, Y. / Kalev, P. / Hyer, M.L. / DeLaBarre, B. / Jin, L. / Padyana, A.K. / Dang, L. / Murtie, J. / Biller, S.A. / Sui, Z. / Marks, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kda.cif.gz | 248.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kda.ent.gz | 198.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kda.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kda | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 484分子
#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-TRS / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 化合物 | ChemComp-WBM / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 0.1 M Tris PH 7.8, 20% PEG 6000, 10% Ethylene Glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.24→30.27 Å / Num. obs: 105080 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 9.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.24→1.29 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 10329 / % possible all: 98.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2P02 解像度: 1.24→30.27 Å / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.789 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→30.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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