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- PDB-7jre: Crystal structure of EV-D68 2A protease C107A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jre
タイトルCrystal structure of EV-D68 2A protease C107A mutant
要素Protease 2A
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HYDROLASE (加水分解酵素) / metal ion binding (金属) / viral process / Enterovirus EV-D68 / protease (プロテアーゼ) / catalytic activity / ion binding (イオン) / structural molecule activity / modulation of process of other organism / interaction with host / cellular process (細胞) / gene expression (遺伝子発現) / regulation of biological process (生物学的プロセス) / biological regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : ...: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, C. / Lee, M.-Y. / Liu, W. / Wang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH-NIAID-R01AI147325 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of EV-D68 2A protease C107A mutant
著者: Liu, C. / Lee, M.-Y. / Ma, C. / Liu, W. / Wang, J.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease 2A
B: Protease 2A
C: Protease 2A
D: Protease 2A
E: Protease 2A
F: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,48312
ポリマ－96,0916
非ポリマー3926
水1,06359
1
A: Protease 2A
B: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1614
ポリマ－32,0302
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
2
C: Protease 2A
D: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1614
ポリマ－32,0302
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13130 Å2
手法PISA
3
E: Protease 2A
F: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1614
ポリマ－32,0302
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.772, 118.772, 80.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 4 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 through 12 or (resid 13...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 4 and (name N or name...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 4 and (name N or name...
d_5ens_1(chain "E" and ((resid 4 and (name N or name...
d_6ens_1(chain "F" and ((resid 4 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PHETRPA2 - 137
d_21ens_1PHETRPC2 - 137
d_31ens_1PHETRPE2 - 137
d_41ens_1PHETRPG1 - 136
d_51ens_1PHETRPI4 - 139
d_61ens_1PHETRPK1 - 136

-
要素

#1: タンパク質
Protease 2A


分子量: 16015.104 Da / 分子数: 6 / 変異: C107A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus D68 (エンテロウイルス)
プラスミド: pE-SUMOstar / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A097BW19, ピコルナイン2A
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: square shaped three dementional crystal
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M Sodium Cacodylate, 10% (v/v) 2-Propanol, 0.005 M Magnesium Chloride, 0.005 M Spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.37
反射解像度: 2.5→47.76 Å / Num. obs: 38883 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3875 / CC1/2: 0.835 / Rpim(I) all: 0.213 / Rrim(I) all: 0.302 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIXdev_3893精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2hrv

2hrv


解像度: 2.5→47.76 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 131.3 / 位相誤差: 35.4303
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 1979 5.09 %
Rwork0.2192 36904 -
obs0.226 38883 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6150 0 6 59 6215
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00646312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77248607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651129
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.03042122
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.27864451658
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.01796671694
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.06568107605
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.33728407831
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.33502131434
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.560.34731360.32892629X-RAY DIFFRACTION95.08
2.56-2.630.36061600.32542603X-RAY DIFFRACTION94.21
2.63-2.710.33851300.31842607X-RAY DIFFRACTION95.22
2.71-2.80.30771290.30512637X-RAY DIFFRACTION95.34
2.8-2.90.31361640.29062623X-RAY DIFFRACTION94.12
2.9-3.010.29281400.27962608X-RAY DIFFRACTION94.91
3.01-3.150.30691260.26462620X-RAY DIFFRACTION95.31
3.15-3.320.29291420.25752647X-RAY DIFFRACTION94.91
3.32-3.520.28381270.24242645X-RAY DIFFRACTION95.38
3.52-3.80.2351740.22962605X-RAY DIFFRACTION93.64
3.8-4.180.20961380.20752627X-RAY DIFFRACTION94.97
4.18-4.780.21571260.17812676X-RAY DIFFRACTION95.33
4.78-6.020.19711470.18882640X-RAY DIFFRACTION94.56
6.02-47.760.22521400.20722737X-RAY DIFFRACTION95.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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