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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jjl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Importin Alpha 3 in complex with human LSD1 NLS | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / demethylase Importin alpha | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanine metabolic process / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dopamine secretion / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development ...guanine metabolic process / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dopamine secretion / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / neuron maturation / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / NLS-bearing protein import into nucleus / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / 核膜孔 / response to fungicide / cellular response to cAMP / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / promoter-specific chromatin binding / HDACs deacetylate histones / cellular response to gamma radiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / cerebral cortex development / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of neuron projection development / protein import into nucleus / cellular response to UV / regulation of protein localization / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 遺伝子発現 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / 核膜 / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Tu, W.J. / McCuaig, R. / Tan, H.Y.A. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J.K. ...Tu, W.J. / McCuaig, R. / Tan, H.Y.A. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J.K. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / Prasana, T. / Milburn, P. / Rao, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2020 タイトル: Targeting Nuclear LSD1 to Reprogram Cancer Cells and Reinvigorate Exhausted T Cells via a Novel LSD1-EOMES Switch. 著者: Tu, W.J. / McCuaig, R.D. / Tan, A.H.Y. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / ...著者: Tu, W.J. / McCuaig, R.D. / Tan, A.H.Y. / Hardy, K. / Seddiki, N. / Ali, S. / Dahlstrom, J.E. / Bean, E.G. / Dunn, J. / Forwood, J. / Tsimbalyuk, S. / Smith, K. / Yip, D. / Malik, L. / Prasanna, T. / Milburn, P. / Rao, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jjl.cif.gz | 95.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jjl.ent.gz | 70.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jjl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/7jjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/7jjl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6bvzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51120.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA4, QIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00629 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3144.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60341, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.44 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9357 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9357 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→33.31 Å / Num. obs: 19536 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 2.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.493 / Num. unique obs: 2323 / CC1/2: 0.778 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6BVZ 解像度: 2.6→33.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 0.009 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 185.69 Å2 / Biso mean: 66.286 Å2 / Biso min: 29.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→33.31 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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