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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fdw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pepsin cleaved lactoferrin C-lobe at 2.28 A resolution | ||||||
要素 | Lactotransferrinラクトフェリン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / C lobe of lactoferrin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metal sequestration by antimicrobial proteins / 抗微生物ペプチド / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / specific granule / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response ...Metal sequestration by antimicrobial proteins / 抗微生物ペプチド / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of tumor necrosis factor (ligand) superfamily member 11 production / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / specific granule / negative regulation of osteoclast development / antifungal humoral response / positive regulation of chondrocyte proliferation / regulation of tumor necrosis factor production / bone morphogenesis / Neutrophil degranulation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of osteoblast proliferation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of cytokine production / 骨化 / innate immune response in mucosa / recycling endosome / antibacterial humoral response / iron ion transport / エンドソーム / iron ion binding / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / negative regulation of apoptotic process / タンパク質分解 / extracellular space / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.277 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, P.K. / Singh, J. / Maurya, A. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein J. / 年: 2021 タイトル: A Peptide Bond from the Inter-lobe Segment in the Bilobal Lactoferrin Acts as a Preferred Site for Cleavage for Serine Proteases to Generate the Perfect C-lobe: Structure of the Pepsin ...タイトル: A Peptide Bond from the Inter-lobe Segment in the Bilobal Lactoferrin Acts as a Preferred Site for Cleavage for Serine Proteases to Generate the Perfect C-lobe: Structure of the Pepsin Hydrolyzed Lactoferrin C-lobe at 2.28 angstrom Resolution. 著者: Singh, J. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Ahmad, M.I. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fdw.cif.gz | 159.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fdw.ent.gz | 122.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fdw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/7fdw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1blfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 342 - 689 / Label seq-ID: 1 - 348
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38011.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) 参照: UniProt: P24627, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ |
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-糖 , 2種, 5分子
#2: 多糖 | #5: 糖 | |
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-非ポリマー , 3種, 260分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Magnesium acetate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.96546 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.277→76.7 Å / Num. obs: 48821 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 17.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.277→2.31 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3392 / CC1/2: 0.94 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BLF 解像度: 2.277→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.277→76.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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