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万見
- PDB-7f3k: Crystal structure of human YBX2 CSD in complex with m5C RNA in sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7f3k
タイトルCrystal structure of human YBX2 CSD in complex with m5C RNA in space group P21212
要素
  • RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
  • Y-box-binding protein 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Complex / protein-RNA / YBX / Cold-shock domain / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


translational attenuation / oocyte development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 精子形成 / 遺伝子発現の調節 / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / DNA binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Y-box-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Zhang, Y. / Huang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870741 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human YBX2 CSD in complex with m5C RNA in space group P21212
著者: Zhang, Y. / Huang, Y.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Y-box-binding protein 2
B: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2254
ポリマ－12,0332
非ポリマー1922
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6000 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.749, 33.135, 33.693
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Y-box-binding protein 2 / Contrin / DNA-binding protein C / Dbpc / Germ cell-specific Y-box-binding protein / MSY2 homolog


分子量: 10205.441 Da / 分子数: 1 / 変異: I92T, Q93K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YBX2, CSDA3, MSY2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2T7
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*(5MC)P*U)-3')


分子量: 1827.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 3.2 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 8891 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 17.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 35.3
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.104 / Num. unique obs: 409

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot0.9.5モデル構築
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6A6J

6a6j


解像度: 1.76→33.69 Å / SU ML: 0.1477 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 15.8122
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1757 1591 9.82 %
Rwork0.1458 14605 -
obs0.1487 8859 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→33.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数699 120 10 125 954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10451179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513132
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.9357161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.820.20441510.15281301X-RAY DIFFRACTION98.71
1.82-1.880.19471330.14391336X-RAY DIFFRACTION99.8
1.88-1.960.18771550.1391330X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.050.18131330.14191313X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.160.17941460.13421338X-RAY DIFFRACTION99.93
2.16-2.290.15681490.14721321X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.470.19731470.14851332X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.710.1781390.16931333X-RAY DIFFRACTION100
2.72-3.110.19721450.15271338X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.910.14371410.1361345X-RAY DIFFRACTION100
3.92-33.690.17491520.14341318X-RAY DIFFRACTION99.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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